Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_D1D2_Hybrid_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_D1D2_Hybrid_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_D1D2_Hybrid_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_D1D2_Hybrid_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_D1D2_Hybrid_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_D1D2_Hybrid_MSN [0.00187, 1.95]
n
1,554,360,926
mean
0.00643
sd
0.0152

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1554360926 129201720
chr1 119125660 54.65% 9894842
chr2 109659651 53.63% 9054278
chr3 93701300 48.83% 7683935
chr4 92399860 53.09% 7631596
chr5 103716460 63.11% 8756618
chr6 86864370 53.95% 7178322
chr7 94504380 59.99% 7900176
chr8 68704490 54.16% 5673501
chr9 75223510 56.12% 6268376
chr10 80068360 58.16% 6688528
chr11 75228780 58.01% 6292738
chr12 73472920 59.02% 6145065
chr13 65503820 55.08% 5413236
chr14 61714320 55.06% 5125972
chr15 59263760 59.74% 4960708
chr16 52465990 53.64% 4318840
chr17 40241100 53.70% 3316249
chr18 27656410 58.80% 2325260
chr19 30451130 59.05% 2553278
chr20 27076380 59.36% 2261053
chr21 25816822 50.37% 2125316
chr22 34214140 66.69% 2958412
chrUn_NW_026528016v1 760 70
chrUn_NW_026528017v1 7270 669
chrUn_NW_026528021v1 6345 536
chrUn_NW_026528026v1 8920 769
chrUn_NW_026528029v1 4697 383
chrUn_NW_026528038v1 9310 740
chrUn_NW_026528039v1 12770 1081
chrUn_NW_026528065v1 2020 164
chrUn_NW_026528075v1 3970 345
chrUn_NW_026528103v1 1040 88
chrUn_NW_026528123v1 100 9
chrUn_NW_026528125v1 2050 182
chrUn_NW_026528140v1 9050 737
chrUn_NW_026528210v1 2750 244
chrUn_NW_026528215v1 5750 469
chrUn_NW_026528217v1 60 6
chrUn_NW_026528218v1 190 19
chrUn_NW_026528219v1 490 38
chrUn_NW_026528220v1 100 8
chrUn_NW_026528221v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 80 6
chrUn_NW_026528224v1 170 15
chrUn_NW_026528225v1 1670 141
chrUn_NW_026528226v1 900 78
chrUn_NW_026528228v1 4170 368
chrUn_NW_026528230v1 4450 366
chrUn_NW_026528232v1 17000 1404
chrUn_NW_026528259v1 150 15
chrUn_NW_026528278v1 7500 604
chrUn_NW_026528285v1 1130 92
chrUn_NW_026528292v1 420 39
chrUn_NW_026528295v1 5510 465
chrUn_NW_026528296v1 54590 4622
chrUn_NW_026528310v1 2950 261
chrUn_NW_026528320v1 710 69
chrUn_NW_026528327v1 410 37
chrUn_NW_026528332v1 390 37
chrUn_NW_026528335v1 370 35
chrUn_NW_026528338v1 800 79
chrUn_NW_026528339v1 920 84
chrUn_NW_026528345v1 330 33
chrUn_NW_026528347v1 260 25
chrUn_NW_026528350v1 500 47
chrUn_NW_026528353v1 660 61
chrUn_NW_026528356v1 820 72
chrUn_NW_026528358v1 40 4
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 4798 398
chrUn_NW_026528370v1 2450 204
chrUn_NW_026528371v1 12050 992
chrUn_NW_026528372v1 3460 294
chrUn_NW_026528373v1 11240 906
chrUn_NW_026528378v1 250 23
chrUn_NW_026528380v1 120 12
chrUn_NW_026528381v1 60 6
chrUn_NW_026528382v1 110 11
chrUn_NW_026528384v1 580 55
chrUn_NW_026528385v1 930 85
chrUn_NW_026528390v1 540 51
chrUn_NW_026528393v1 340 30
chrUn_NW_026528396v1 180 16
chrUn_NW_026528397v1 270 27
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 270 26
chrUn_NW_026528404v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 100 8
chrUn_NW_026528409v1 240 23
chrUn_NW_026528412v1 360 32
chrUn_NW_026528413v1 130 12
chrUn_NW_026528416v1 60 6
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 1080 100
chrUn_NW_026528431v1 5080 429
chrUn_NW_026528432v1 9300 747
chrUn_NW_026528433v1 27580 2370
chrUn_NW_026528440v1 160 16
chrUn_NW_026528471v1 60 4
chrUn_NW_026528480v1 8420 725
chrUn_NW_026528558v1 40760 3539
chrUn_NW_026528559v1 1200 103
chrUn_NW_026528561v1 4040 353
chrUn_NW_026528588v1 550 52
chrUn_NW_026528589v1 770 74
chrUn_NW_026528590v1 33380 2860
chrUn_NW_026528596v1 51680 4361
chrUn_NW_026528609v1 480 46
chrUn_NW_026528611v1 200 20
chrUn_NW_026528615v1 500 46
chrUn_NW_026528621v1 4190 352
chrUn_NW_026528631v1 3710 318
chrUn_NW_026528634v1 4580 386
chrUn_NW_026528635v1 120 12
chrUn_NW_026528644v1 90 9
chrUn_NW_026528650v1 410 39
chrUn_NW_026528656v1 120 12
chrUn_NW_026528660v1 100 10
chrUn_NW_026528661v1 400 38
chrUn_NW_026528668v1 330 29
chrUn_NW_026528670v1 100 7
chrUn_NW_026528677v1 280 26
chrUn_NW_026528708v1 320 30
chrUn_NW_026528719v1 13370 1162
chrUn_NW_026528737v1 830 73
chrUn_NW_026528739v1 280 28
chrUn_NW_026528740v1 60 6
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 320 29
chrUn_NW_026528748v1 120 12
chrUn_NW_026528749v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 290 29
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 200 20
chrUn_NW_026528754v1 310 30
chrUn_NW_026528755v1 3070 281
chrUn_NW_026528772v1 350 34
chrUn_NW_026528775v1 330 29
chrUn_NW_026528777v1 120 12
chrUn_NW_026528784v1 250 23
chrUn_NW_026528785v1 300 26
chrUn_NW_026528786v1 370 35
chrUn_NW_026528788v1 140 14
chrUn_NW_026528791v1 60 6
chrUn_NW_026528792v1 70 6
chrUn_NW_026528793v1 2530 237
chrUn_NW_026528795v1 1390 129
chrUn_NW_026528796v1 4340 380
chrUn_NW_026528797v1 47100 3877
chrUn_NW_026528798v1 12060 1051
chrUn_NW_026528799v1 4880 419
chrUn_NW_026528880v1 420 36
chrUn_NW_026528882v1 270 25
chrUn_NW_026528883v1 50 5
chrUn_NW_026528884v1 270 27
chrUn_NW_026528885v1 90 9
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 1680 139
chrUn_NW_026528888v1 300 30
chrUn_NW_026528889v1 370 35
chrUn_NW_026528891v1 880 80
chrUn_NW_026528893v1 220 21
chrUn_NW_026528894v1 11110 901
chrUn_NW_026528896v1 100 10
chrUn_NW_026528899v1 380 34
chrUn_NW_026528900v1 2750 227
chrUn_NW_026528902v1 3790 337
chrUn_NW_026528903v1 13410 1084
chrUn_NW_026528917v1 4180 342
chrUn_NW_026528926v1 2090 172
chrUn_NW_026528928v1 22150 1896
chrUn_NW_026528937v1 1880 169
chrUn_NW_026528938v1 200 20
chrUn_NW_026528950v1 590 51
chrUn_NW_026528952v1 330 33
chrUn_NW_026528957v1 22420 1923
chrUn_NW_026528960v1 6490 551
chrUn_NW_026528975v1 4000 317
chrUn_NW_026528984v1 970 89
chrUn_NW_026528985v1 180 18
chrUn_NW_026528986v1 180 17
chrUn_NW_026528987v1 220 20
chrUn_NW_026528988v1 2150 191
chrUn_NW_026528989v1 280 27
chrUn_NW_026528990v1 60 6
chrUn_NW_026528992v1 200 18
chrUn_NW_026528994v1 130 11
chrUn_NW_026528996v1 670 64
chrUn_NW_026529007v1 5490 464
chrUn_NW_026529008v1 37940 3149
chrUn_NW_026529013v1 1880 160
chrUn_NW_026529015v1 3180 267
chrUn_NW_026529016v1 20720 1765
chrUn_NW_026529060v1 16275 1411
chrUn_NW_026529081v1 5720 499
chrUn_NW_026529085v1 12060 995
chrX 55730317 37.61% 4543427
chrX_NW_026527892v1_random 6900 564
chrX_NW_026527894v1_random 12148 987
chrX_NW_026527897v1_random 3610 293
chrY 625750 7.60% 52654
chrY_NW_026527906v1_random 80 8
chrY_NW_026527909v1_random 670 64
chrY_NW_026527911v1_random 2890 266
chrY_NW_026527913v1_random 4650 406
chrY_NW_026527914v1_random 7853 630
chrY_NW_026527915v1_random 300 30
chrY_NW_026527916v1_random 1300 114
chrY_NW_026527918v1_random 690 65
chrY_NW_026527919v1_random 1910 172
chrY_NW_026527927v1_random 260 25
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 940 88
chrY_NW_026527938v1_random 11650 975
chrY_NW_026527939v1_random 730 66
chrY_NW_026527942v1_random 6580 588
chrY_NW_026527945v1_random 260 26
chrY_NW_026527948v1_random 1160 109
chrY_NW_026527949v1_random 16530 1386
chrY_NW_026527950v1_random 14270 1195
chrY_NW_026527951v1_random 4020 370
chrY_NW_026527955v1_random 3650 318
chrY_NW_026527956v1_random 2270 210
chrY_NW_026527958v1_random 2790 250
chrY_NW_026527960v1_random 1900 177
chrY_NW_026527961v1_random 4990 421
chrY_NW_026527966v1_random 50540 4429
chrY_NW_026527967v1_random 5580 498
chrY_NW_026527968v1_random 31750 2756
chrY_NW_026527969v1_random 680 61
chrY_NW_026527974v1_random 950 88
chrY_NW_026527980v1_random 1450 130

Segment lengths

segments min max mean median
segments 129201720 2 140 12.03 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_D1D2_Hybrid_MSN.bw 760.69 MB cc4aa4e2b59a4ecf96b49c48af40915b
genomic_resource.yaml 1.14 KB af5dc467987bd8f8b57d84735637f53d
statistics/