Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_LYPD6-RSPO2_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_LYPD6-RSPO2_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_LYPD6-RSPO2_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_LYPD6-RSPO2_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_LYPD6-RSPO2_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_LYPD6-RSPO2_GABA [0.00258, 2.19]
n
1,376,703,564
mean
0.00726
sd
0.0162

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1376703564 112936451
chr1 107859920 49.49% 8869679
chr2 97073210 47.47% 7947105
chr3 81686620 42.57% 6656976
chr4 81295840 46.71% 6636318
chr5 92404250 56.22% 7634348
chr6 78142400 48.53% 6397149
chr7 83516020 53.01% 6863362
chr8 60824980 47.95% 4978697
chr9 67812380 50.59% 5574098
chr10 69064330 50.17% 5662900
chr11 67205930 51.82% 5530900
chr12 65581440 52.68% 5391364
chr13 58239690 48.97% 4766566
chr14 53805300 48.00% 4396612
chr15 52808447 53.23% 4341984
chr16 46699710 47.74% 3817402
chr17 35797630 47.77% 2917969
chr18 23775600 50.55% 1952002
chr19 27115050 52.58% 2228609
chr20 24759650 54.28% 2032223
chr21 23020120 44.91% 1880603
chr22 30385050 59.23% 2549426
chrUn_NW_026528016v1 700 62
chrUn_NW_026528017v1 4560 411
chrUn_NW_026528021v1 6105 510
chrUn_NW_026528026v1 7180 628
chrUn_NW_026528029v1 4307 348
chrUn_NW_026528038v1 7600 608
chrUn_NW_026528039v1 13010 1100
chrUn_NW_026528065v1 1950 163
chrUn_NW_026528075v1 3210 284
chrUn_NW_026528103v1 810 77
chrUn_NW_026528123v1 40 4
chrUn_NW_026528125v1 1250 112
chrUn_NW_026528140v1 7640 633
chrUn_NW_026528210v1 1760 162
chrUn_NW_026528215v1 4650 408
chrUn_NW_026528217v1 60 6
chrUn_NW_026528218v1 180 16
chrUn_NW_026528219v1 300 29
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 80 8
chrUn_NW_026528222v1 80 7
chrUn_NW_026528224v1 170 14
chrUn_NW_026528225v1 1120 97
chrUn_NW_026528226v1 1400 115
chrUn_NW_026528228v1 2900 263
chrUn_NW_026528230v1 4240 354
chrUn_NW_026528232v1 15060 1205
chrUn_NW_026528259v1 100 9
chrUn_NW_026528278v1 5170 440
chrUn_NW_026528285v1 660 59
chrUn_NW_026528292v1 370 31
chrUn_NW_026528295v1 3750 326
chrUn_NW_026528296v1 54550 4604
chrUn_NW_026528310v1 2420 221
chrUn_NW_026528320v1 720 68
chrUn_NW_026528327v1 320 30
chrUn_NW_026528332v1 300 30
chrUn_NW_026528335v1 530 49
chrUn_NW_026528338v1 610 59
chrUn_NW_026528339v1 550 51
chrUn_NW_026528345v1 200 20
chrUn_NW_026528347v1 40 4
chrUn_NW_026528350v1 340 29
chrUn_NW_026528353v1 620 57
chrUn_NW_026528356v1 490 44
chrUn_NW_026528358v1 140 14
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 4070 329
chrUn_NW_026528370v1 2310 193
chrUn_NW_026528371v1 10780 899
chrUn_NW_026528372v1 4240 348
chrUn_NW_026528373v1 13620 1123
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 80 8
chrUn_NW_026528381v1 60 6
chrUn_NW_026528382v1 100 10
chrUn_NW_026528384v1 420 40
chrUn_NW_026528385v1 820 72
chrUn_NW_026528390v1 460 44
chrUn_NW_026528393v1 180 16
chrUn_NW_026528396v1 80 8
chrUn_NW_026528397v1 100 10
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 140 13
chrUn_NW_026528408v1 110 11
chrUn_NW_026528409v1 220 21
chrUn_NW_026528412v1 290 25
chrUn_NW_026528413v1 60 6
chrUn_NW_026528416v1 100 8
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 120 12
chrUn_NW_026528423v1 680 63
chrUn_NW_026528431v1 5910 495
chrUn_NW_026528432v1 6780 567
chrUn_NW_026528433v1 22290 1788
chrUn_NW_026528440v1 60 6
chrUn_NW_026528471v1 60 6
chrUn_NW_026528480v1 7610 657
chrUn_NW_026528558v1 30580 2691
chrUn_NW_026528559v1 1000 83
chrUn_NW_026528561v1 3020 276
chrUn_NW_026528588v1 200 20
chrUn_NW_026528589v1 530 49
chrUn_NW_026528590v1 25710 2267
chrUn_NW_026528596v1 36270 3150
chrUn_NW_026528609v1 370 36
chrUn_NW_026528611v1 140 14
chrUn_NW_026528615v1 330 32
chrUn_NW_026528621v1 2790 233
chrUn_NW_026528631v1 1970 171
chrUn_NW_026528634v1 3580 325
chrUn_NW_026528635v1 100 10
chrUn_NW_026528644v1 80 8
chrUn_NW_026528650v1 400 36
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 200 20
chrUn_NW_026528668v1 330 32
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 300 27
chrUn_NW_026528708v1 140 13
chrUn_NW_026528719v1 9680 832
chrUn_NW_026528737v1 1040 90
chrUn_NW_026528739v1 400 40
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 380 36
chrUn_NW_026528748v1 40 2
chrUn_NW_026528750v1 240 22
chrUn_NW_026528752v1 160 16
chrUn_NW_026528754v1 180 17
chrUn_NW_026528755v1 2240 205
chrUn_NW_026528772v1 280 26
chrUn_NW_026528775v1 130 12
chrUn_NW_026528777v1 140 14
chrUn_NW_026528784v1 150 15
chrUn_NW_026528785v1 190 18
chrUn_NW_026528786v1 300 28
chrUn_NW_026528788v1 60 6
chrUn_NW_026528791v1 70 7
chrUn_NW_026528792v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 2050 185
chrUn_NW_026528795v1 1860 166
chrUn_NW_026528796v1 4620 398
chrUn_NW_026528797v1 43080 3583
chrUn_NW_026528798v1 8950 757
chrUn_NW_026528799v1 3280 270
chrUn_NW_026528880v1 320 30
chrUn_NW_026528882v1 170 15
chrUn_NW_026528884v1 100 9
chrUn_NW_026528885v1 120 11
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 1270 106
chrUn_NW_026528888v1 360 33
chrUn_NW_026528889v1 160 15
chrUn_NW_026528891v1 740 64
chrUn_NW_026528893v1 220 22
chrUn_NW_026528894v1 6060 522
chrUn_NW_026528896v1 40 4
chrUn_NW_026528899v1 210 20
chrUn_NW_026528900v1 2370 202
chrUn_NW_026528902v1 2430 217
chrUn_NW_026528903v1 13040 1022
chrUn_NW_026528917v1 4460 368
chrUn_NW_026528926v1 1470 120
chrUn_NW_026528928v1 16910 1486
chrUn_NW_026528937v1 1340 127
chrUn_NW_026528938v1 240 23
chrUn_NW_026528950v1 490 46
chrUn_NW_026528952v1 300 29
chrUn_NW_026528957v1 17340 1488
chrUn_NW_026528960v1 2960 244
chrUn_NW_026528975v1 2930 248
chrUn_NW_026528984v1 1090 96
chrUn_NW_026528985v1 110 11
chrUn_NW_026528986v1 100 10
chrUn_NW_026528987v1 120 11
chrUn_NW_026528988v1 1450 135
chrUn_NW_026528989v1 290 29
chrUn_NW_026528992v1 160 16
chrUn_NW_026528994v1 40 4
chrUn_NW_026528995v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 530 50
chrUn_NW_026529007v1 4310 347
chrUn_NW_026529008v1 37530 3110
chrUn_NW_026529013v1 1220 106
chrUn_NW_026529015v1 2570 224
chrUn_NW_026529016v1 16230 1394
chrUn_NW_026529060v1 13485 1116
chrUn_NW_026529081v1 4920 441
chrUn_NW_026529085v1 10070 866
chrX 46562717 31.43% 3802001
chrX_NW_026527892v1_random 6170 495
chrX_NW_026527894v1_random 7398 631
chrX_NW_026527897v1_random 2850 234
chrY 498310 6.06% 42398
chrY_NW_026527906v1_random 120 12
chrY_NW_026527909v1_random 550 53
chrY_NW_026527911v1_random 2260 209
chrY_NW_026527913v1_random 2980 272
chrY_NW_026527914v1_random 6560 530
chrY_NW_026527915v1_random 110 10
chrY_NW_026527916v1_random 1000 91
chrY_NW_026527918v1_random 540 52
chrY_NW_026527919v1_random 1240 116
chrY_NW_026527927v1_random 550 54
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 820 75
chrY_NW_026527938v1_random 8850 786
chrY_NW_026527939v1_random 610 56
chrY_NW_026527942v1_random 4790 457
chrY_NW_026527945v1_random 140 14
chrY_NW_026527948v1_random 600 57
chrY_NW_026527949v1_random 15220 1226
chrY_NW_026527950v1_random 15780 1284
chrY_NW_026527951v1_random 2420 227
chrY_NW_026527955v1_random 2410 221
chrY_NW_026527956v1_random 2245 202
chrY_NW_026527958v1_random 2070 182
chrY_NW_026527960v1_random 1480 131
chrY_NW_026527961v1_random 4660 408
chrY_NW_026527966v1_random 42480 3741
chrY_NW_026527967v1_random 3410 312
chrY_NW_026527968v1_random 23970 2137
chrY_NW_026527969v1_random 790 68
chrY_NW_026527974v1_random 520 45
chrY_NW_026527980v1_random 1210 110

Segment lengths

segments min max mean median
segments 112936451 5 140 12.19 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_LYPD6-RSPO2_GABA.bw 690.15 MB 26721a8529b0510cfa18ba6c2167ae7d
genomic_resource.yaml 1.14 KB 86392380497b618e74204fc63e2b7269
statistics/