Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_SST-ADARB2_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_SST-ADARB2_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_SST-ADARB2_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-ADARB2_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-ADARB2_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-ADARB2_GABA [0.0377, 1.92]
n
209,489,300
mean
0.0477
sd
0.0356

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 209489300 18770595
chr1 16657330 7.64% 1487596
chr2 14094000 6.89% 1269750
chr3 10834530 5.65% 988916
chr4 11516260 6.62% 1041649
chr5 16146120 9.82% 1423098
chr6 11111490 6.90% 1000828
chr7 13901500 8.82% 1235556
chr8 8459090 6.67% 764204
chr9 10261150 7.66% 918297
chr10 11089230 8.05% 989631
chr11 10950950 8.44% 974021
chr12 10616470 8.53% 944621
chr13 8579340 7.21% 772497
chr14 8274400 7.38% 743150
chr15 8067170 8.13% 722081
chr16 6607390 6.75% 597247
chr17 4896990 6.53% 444680
chr18 3853110 8.19% 342823
chr19 4195690 8.14% 374536
chr20 4007560 8.79% 356066
chr21 3282740 6.40% 296805
chr22 6373050 12.42% 552000
chrUn_NW_026528016v1 40 4
chrUn_NW_026528017v1 160 16
chrUn_NW_026528021v1 630 57
chrUn_NW_026528026v1 470 46
chrUn_NW_026528029v1 770 64
chrUn_NW_026528038v1 1100 98
chrUn_NW_026528039v1 1310 116
chrUn_NW_026528065v1 350 31
chrUn_NW_026528075v1 160 15
chrUn_NW_026528103v1 120 12
chrUn_NW_026528125v1 60 6
chrUn_NW_026528140v1 750 71
chrUn_NW_026528210v1 180 18
chrUn_NW_026528215v1 330 32
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 100 10
chrUn_NW_026528226v1 230 18
chrUn_NW_026528228v1 310 31
chrUn_NW_026528230v1 590 55
chrUn_NW_026528232v1 1880 174
chrUn_NW_026528278v1 550 53
chrUn_NW_026528285v1 40 4
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 220 22
chrUn_NW_026528296v1 11700 1019
chrUn_NW_026528310v1 200 19
chrUn_NW_026528338v1 20 2
chrUn_NW_026528345v1 70 7
chrUn_NW_026528350v1 20 2
chrUn_NW_026528353v1 20 2
chrUn_NW_026528356v1 40 4
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 180 18
chrUn_NW_026528370v1 330 29
chrUn_NW_026528371v1 1480 132
chrUn_NW_026528372v1 460 42
chrUn_NW_026528373v1 2380 217
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528390v1 160 16
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 20 2
chrUn_NW_026528431v1 430 43
chrUn_NW_026528432v1 560 52
chrUn_NW_026528433v1 3090 288
chrUn_NW_026528480v1 720 72
chrUn_NW_026528558v1 1790 178
chrUn_NW_026528559v1 20 2
chrUn_NW_026528561v1 20 2
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1770 177
chrUn_NW_026528596v1 2510 247
chrUn_NW_026528609v1 40 4
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 500 46
chrUn_NW_026528631v1 180 17
chrUn_NW_026528634v1 380 37
chrUn_NW_026528650v1 20 2
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 80 8
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 60 6
chrUn_NW_026528719v1 510 51
chrUn_NW_026528737v1 40 4
chrUn_NW_026528739v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 80 8
chrUn_NW_026528754v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 220 22
chrUn_NW_026528775v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 60 6
chrUn_NW_026528793v1 210 20
chrUn_NW_026528795v1 100 10
chrUn_NW_026528796v1 500 47
chrUn_NW_026528797v1 5080 479
chrUn_NW_026528798v1 1180 102
chrUn_NW_026528799v1 370 33
chrUn_NW_026528880v1 120 12
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 180 18
chrUn_NW_026528888v1 40 4
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 450 44
chrUn_NW_026528899v1 70 6
chrUn_NW_026528900v1 270 25
chrUn_NW_026528902v1 280 28
chrUn_NW_026528903v1 1090 106
chrUn_NW_026528917v1 280 28
chrUn_NW_026528926v1 150 13
chrUn_NW_026528928v1 720 72
chrUn_NW_026528937v1 40 4
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 1000 97
chrUn_NW_026528960v1 180 18
chrUn_NW_026528975v1 120 12
chrUn_NW_026528984v1 120 12
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 260 26
chrUn_NW_026528989v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 80 8
chrUn_NW_026529007v1 400 34
chrUn_NW_026529008v1 6080 554
chrUn_NW_026529013v1 60 6
chrUn_NW_026529015v1 100 10
chrUn_NW_026529016v1 1090 106
chrUn_NW_026529060v1 2090 191
chrUn_NW_026529081v1 650 62
chrUn_NW_026529085v1 1420 131
chrX 5580900 3.77% 518245
chrX_NW_026527892v1_random 400 39
chrX_NW_026527894v1_random 1140 106
chrX_NW_026527897v1_random 170 16
chrY 45320 0.55% 4195
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 40 4
chrY_NW_026527913v1_random 190 18
chrY_NW_026527914v1_random 580 58
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527918v1_random 20 2
chrY_NW_026527919v1_random 60 6
chrY_NW_026527932v1_random 20 2
chrY_NW_026527938v1_random 620 61
chrY_NW_026527939v1_random 40 4
chrY_NW_026527942v1_random 70 7
chrY_NW_026527948v1_random 40 4
chrY_NW_026527949v1_random 2320 224
chrY_NW_026527950v1_random 2140 197
chrY_NW_026527951v1_random 140 14
chrY_NW_026527955v1_random 180 18
chrY_NW_026527956v1_random 1060 86
chrY_NW_026527958v1_random 680 57
chrY_NW_026527960v1_random 140 12
chrY_NW_026527961v1_random 430 43
chrY_NW_026527966v1_random 8390 740
chrY_NW_026527967v1_random 220 22
chrY_NW_026527968v1_random 2080 203
chrY_NW_026527974v1_random 20 2
chrY_NW_026527980v1_random 120 12

Segment lengths

segments min max mean median
segments 18770595 10 110 11.16 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_SST-ADARB2_GABA.bw 141.12 MB 2e7b6e6ccc9ce19c199a246f8dbe74ca
genomic_resource.yaml 1.14 KB c7373dc9a945d8bd2ac104f51d75de9e
statistics/