Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_SST-CHODL_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_SST-CHODL_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_SST-CHODL_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-CHODL_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-CHODL_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-CHODL_GABA [0.00585, 2.15]
n
857,988,361
mean
0.0117
sd
0.02

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 857988361 70399069
chr1 68024000 31.21% 5576480
chr2 58679560 28.70% 4827162
chr3 46785210 24.38% 3885090
chr4 48818210 28.05% 4023947
chr5 63629940 38.72% 5169441
chr6 46880149 29.12% 3854023
chr7 54640680 34.68% 4455689
chr8 36902160 29.09% 3036305
chr9 42086430 31.40% 3452711
chr10 44214800 32.12% 3614318
chr11 43901410 33.85% 3587299
chr12 41890720 33.65% 3416756
chr13 36430250 30.63% 2985188
chr14 33585350 29.96% 2754760
chr15 33017890 33.28% 2695017
chr16 27389090 28.00% 2258824
chr17 21568580 28.78% 1772545
chr18 15279810 32.49% 1250619
chr19 17188010 33.33% 1401047
chr20 16365160 35.88% 1330965
chr21 13928390 27.17% 1148358
chr22 22005830 42.90% 1792871
chrUn_NW_026528016v1 210 20
chrUn_NW_026528017v1 2080 199
chrUn_NW_026528021v1 3870 304
chrUn_NW_026528026v1 2900 258
chrUn_NW_026528029v1 2980 234
chrUn_NW_026528038v1 4370 378
chrUn_NW_026528039v1 8700 737
chrUn_NW_026528065v1 1460 117
chrUn_NW_026528075v1 1360 127
chrUn_NW_026528103v1 350 33
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 570 53
chrUn_NW_026528140v1 4930 429
chrUn_NW_026528210v1 920 86
chrUn_NW_026528215v1 3080 277
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528218v1 80 5
chrUn_NW_026528219v1 120 12
chrUn_NW_026528220v1 40 4
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 100 9
chrUn_NW_026528225v1 560 52
chrUn_NW_026528226v1 1210 106
chrUn_NW_026528228v1 1280 117
chrUn_NW_026528230v1 1970 169
chrUn_NW_026528232v1 10500 852
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 3550 284
chrUn_NW_026528285v1 440 42
chrUn_NW_026528292v1 60 6
chrUn_NW_026528295v1 1470 133
chrUn_NW_026528296v1 38663 3085
chrUn_NW_026528310v1 590 59
chrUn_NW_026528320v1 120 12
chrUn_NW_026528327v1 120 12
chrUn_NW_026528332v1 180 18
chrUn_NW_026528335v1 140 14
chrUn_NW_026528338v1 260 25
chrUn_NW_026528339v1 330 27
chrUn_NW_026528345v1 200 17
chrUn_NW_026528347v1 100 10
chrUn_NW_026528350v1 120 12
chrUn_NW_026528353v1 180 18
chrUn_NW_026528356v1 120 12
chrUn_NW_026528358v1 60 6
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 1800 161
chrUn_NW_026528370v1 910 80
chrUn_NW_026528371v1 5990 490
chrUn_NW_026528372v1 2590 217
chrUn_NW_026528373v1 9960 823
chrUn_NW_026528378v1 70 7
chrUn_NW_026528380v1 60 6
chrUn_NW_026528382v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 290 29
chrUn_NW_026528385v1 310 28
chrUn_NW_026528390v1 310 29
chrUn_NW_026528393v1 50 5
chrUn_NW_026528396v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 60 6
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 60 6
chrUn_NW_026528409v1 40 4
chrUn_NW_026528412v1 60 6
chrUn_NW_026528413v1 60 6
chrUn_NW_026528416v1 60 6
chrUn_NW_026528423v1 490 46
chrUn_NW_026528431v1 2390 211
chrUn_NW_026528432v1 4200 357
chrUn_NW_026528433v1 13950 1150
chrUn_NW_026528440v1 80 8
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 2820 259
chrUn_NW_026528558v1 11000 1005
chrUn_NW_026528559v1 490 44
chrUn_NW_026528561v1 1570 141
chrUn_NW_026528588v1 180 18
chrUn_NW_026528589v1 110 11
chrUn_NW_026528590v1 11720 1098
chrUn_NW_026528596v1 13120 1230
chrUn_NW_026528609v1 200 20
chrUn_NW_026528611v1 80 8
chrUn_NW_026528615v1 180 18
chrUn_NW_026528621v1 1420 126
chrUn_NW_026528631v1 1260 108
chrUn_NW_026528634v1 1710 158
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 120 12
chrUn_NW_026528656v1 80 8
chrUn_NW_026528661v1 80 8
chrUn_NW_026528668v1 80 8
chrUn_NW_026528677v1 80 8
chrUn_NW_026528708v1 40 4
chrUn_NW_026528719v1 4320 396
chrUn_NW_026528737v1 660 58
chrUn_NW_026528739v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 130 12
chrUn_NW_026528750v1 110 11
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 40 4
chrUn_NW_026528755v1 760 70
chrUn_NW_026528772v1 90 8
chrUn_NW_026528775v1 240 18
chrUn_NW_026528777v1 100 10
chrUn_NW_026528784v1 160 15
chrUn_NW_026528785v1 130 11
chrUn_NW_026528786v1 110 11
chrUn_NW_026528788v1 60 6
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 830 80
chrUn_NW_026528795v1 560 53
chrUn_NW_026528796v1 1950 182
chrUn_NW_026528797v1 21070 1816
chrUn_NW_026528798v1 5780 489
chrUn_NW_026528799v1 1920 175
chrUn_NW_026528880v1 240 23
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528883v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 120 11
chrUn_NW_026528885v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 660 59
chrUn_NW_026528888v1 100 9
chrUn_NW_026528889v1 180 18
chrUn_NW_026528891v1 380 37
chrUn_NW_026528893v1 100 10
chrUn_NW_026528894v1 3310 304
chrUn_NW_026528899v1 200 18
chrUn_NW_026528900v1 1640 140
chrUn_NW_026528902v1 1130 107
chrUn_NW_026528903v1 6470 551
chrUn_NW_026528917v1 1920 170
chrUn_NW_026528926v1 710 64
chrUn_NW_026528928v1 5190 487
chrUn_NW_026528937v1 380 35
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 60 5
chrUn_NW_026528952v1 60 6
chrUn_NW_026528957v1 5660 520
chrUn_NW_026528960v1 1781 162
chrUn_NW_026528975v1 1120 104
chrUn_NW_026528984v1 400 37
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528987v1 60 6
chrUn_NW_026528988v1 730 70
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528990v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528995v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 190 18
chrUn_NW_026529007v1 2280 190
chrUn_NW_026529008v1 27530 2247
chrUn_NW_026529013v1 360 33
chrUn_NW_026529015v1 700 64
chrUn_NW_026529016v1 5880 530
chrUn_NW_026529060v1 9965 774
chrUn_NW_026529081v1 2810 260
chrUn_NW_026529085v1 6320 550
chrX 24024970 16.21% 2044305
chrX_NW_026527892v1_random 2340 215
chrX_NW_026527894v1_random 4520 391
chrX_NW_026527897v1_random 1000 88
chrY 337600 4.10% 29309
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 330 31
chrY_NW_026527911v1_random 1490 142
chrY_NW_026527913v1_random 2730 249
chrY_NW_026527914v1_random 4163 358
chrY_NW_026527915v1_random 40 4
chrY_NW_026527916v1_random 570 54
chrY_NW_026527918v1_random 340 31
chrY_NW_026527919v1_random 1130 102
chrY_NW_026527927v1_random 320 31
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 650 60
chrY_NW_026527938v1_random 3220 302
chrY_NW_026527939v1_random 160 16
chrY_NW_026527942v1_random 3200 304
chrY_NW_026527945v1_random 80 8
chrY_NW_026527948v1_random 290 27
chrY_NW_026527949v1_random 6510 580
chrY_NW_026527950v1_random 11360 965
chrY_NW_026527951v1_random 1240 117
chrY_NW_026527955v1_random 1680 159
chrY_NW_026527956v1_random 1850 163
chrY_NW_026527958v1_random 1870 162
chrY_NW_026527960v1_random 830 82
chrY_NW_026527961v1_random 2550 231
chrY_NW_026527966v1_random 27340 2442
chrY_NW_026527967v1_random 1450 141
chrY_NW_026527968v1_random 10470 974
chrY_NW_026527969v1_random 530 46
chrY_NW_026527974v1_random 420 42
chrY_NW_026527980v1_random 360 36

Segment lengths

segments min max mean median
segments 70399069 1 140 12.19 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_SST-CHODL_GABA.bw 496.35 MB 8365d10b0b5a37fa534061ef359f63c0
genomic_resource.yaml 1.14 KB 782f6c3d5f07bb385d068e860ea3f00c
statistics/