Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_SST-RSPO2_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_SST-RSPO2_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_SST-RSPO2_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-RSPO2_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-RSPO2_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_SST-RSPO2_GABA [0.00194, 2.19]
n
1,581,871,707
mean
0.00632
sd
0.0149

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1581871707 131268227
chr1 123194960 56.52% 10247647
chr2 111899800 54.72% 9253573
chr3 95799170 49.92% 7853676
chr4 94298920 54.18% 7775783
chr5 104457010 63.56% 8775556
chr6 89384910 55.52% 7384440
chr7 95273200 60.47% 7939356
chr8 70203900 55.34% 5799964
chr9 77067000 57.49% 6411903
chr10 79536350 57.77% 6618036
chr11 75649690 58.33% 6308031
chr12 74188970 59.60% 6186916
chr13 67469500 56.73% 5582768
chr14 62304480 55.58% 5152544
chr15 60304170 60.79% 5035516
chr16 53874360 55.08% 4445504
chr17 41618950 55.53% 3428281
chr18 27093460 57.61% 2257237
chr19 31129000 60.36% 2600887
chr20 28311840 62.07% 2365124
chr21 27284320 53.23% 2253120
chr22 33699750 65.69% 2883820
chrUn_NW_026528016v1 780 71
chrUn_NW_026528017v1 6350 589
chrUn_NW_026528021v1 6155 522
chrUn_NW_026528026v1 8980 782
chrUn_NW_026528029v1 4667 384
chrUn_NW_026528038v1 9940 796
chrUn_NW_026528039v1 16240 1330
chrUn_NW_026528065v1 2092 167
chrUn_NW_026528075v1 4350 367
chrUn_NW_026528103v1 1180 102
chrUn_NW_026528123v1 100 10
chrUn_NW_026528125v1 1890 167
chrUn_NW_026528140v1 9370 796
chrUn_NW_026528210v1 2490 225
chrUn_NW_026528215v1 5140 435
chrUn_NW_026528217v1 80 7
chrUn_NW_026528218v1 150 14
chrUn_NW_026528219v1 380 29
chrUn_NW_026528220v1 60 6
chrUn_NW_026528221v1 60 6
chrUn_NW_026528222v1 130 13
chrUn_NW_026528224v1 120 9
chrUn_NW_026528225v1 1160 108
chrUn_NW_026528226v1 1320 106
chrUn_NW_026528228v1 3590 308
chrUn_NW_026528230v1 4610 388
chrUn_NW_026528232v1 18920 1559
chrUn_NW_026528259v1 180 17
chrUn_NW_026528278v1 6430 526
chrUn_NW_026528285v1 1030 91
chrUn_NW_026528292v1 640 57
chrUn_NW_026528295v1 5080 449
chrUn_NW_026528296v1 56010 4810
chrUn_NW_026528310v1 2640 236
chrUn_NW_026528320v1 880 79
chrUn_NW_026528327v1 340 34
chrUn_NW_026528332v1 540 52
chrUn_NW_026528335v1 580 54
chrUn_NW_026528338v1 810 77
chrUn_NW_026528339v1 770 73
chrUn_NW_026528345v1 290 28
chrUn_NW_026528347v1 220 20
chrUn_NW_026528350v1 630 56
chrUn_NW_026528353v1 1080 95
chrUn_NW_026528356v1 670 56
chrUn_NW_026528358v1 100 9
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 4650 389
chrUn_NW_026528370v1 2300 194
chrUn_NW_026528371v1 11950 950
chrUn_NW_026528372v1 5400 434
chrUn_NW_026528373v1 18080 1499
chrUn_NW_026528378v1 200 19
chrUn_NW_026528380v1 150 12
chrUn_NW_026528382v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 610 59
chrUn_NW_026528385v1 870 82
chrUn_NW_026528390v1 960 90
chrUn_NW_026528393v1 240 23
chrUn_NW_026528396v1 120 10
chrUn_NW_026528397v1 360 36
chrUn_NW_026528402v1 60 6
chrUn_NW_026528403v1 170 15
chrUn_NW_026528404v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 170 16
chrUn_NW_026528409v1 250 25
chrUn_NW_026528412v1 390 38
chrUn_NW_026528413v1 200 17
chrUn_NW_026528416v1 80 8
chrUn_NW_026528419v1 60 6
chrUn_NW_026528420v1 80 7
chrUn_NW_026528423v1 1190 104
chrUn_NW_026528431v1 6650 561
chrUn_NW_026528432v1 8330 685
chrUn_NW_026528433v1 24960 2078
chrUn_NW_026528440v1 130 13
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 8870 773
chrUn_NW_026528558v1 42010 3637
chrUn_NW_026528559v1 1580 135
chrUn_NW_026528561v1 3950 337
chrUn_NW_026528588v1 490 47
chrUn_NW_026528589v1 350 35
chrUn_NW_026528590v1 32610 2820
chrUn_NW_026528596v1 48100 4103
chrUn_NW_026528609v1 650 58
chrUn_NW_026528611v1 260 26
chrUn_NW_026528615v1 510 43
chrUn_NW_026528621v1 3490 298
chrUn_NW_026528631v1 2580 219
chrUn_NW_026528634v1 4530 387
chrUn_NW_026528635v1 190 18
chrUn_NW_026528644v1 250 23
chrUn_NW_026528650v1 430 42
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 300 29
chrUn_NW_026528668v1 260 26
chrUn_NW_026528670v1 80 7
chrUn_NW_026528677v1 350 31
chrUn_NW_026528708v1 250 22
chrUn_NW_026528719v1 12500 1094
chrUn_NW_026528737v1 1060 96
chrUn_NW_026528739v1 320 31
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 320 29
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528749v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 380 36
chrUn_NW_026528751v1 40 4
chrUn_NW_026528752v1 80 7
chrUn_NW_026528754v1 240 23
chrUn_NW_026528755v1 2920 270
chrUn_NW_026528772v1 420 37
chrUn_NW_026528775v1 410 33
chrUn_NW_026528777v1 240 19
chrUn_NW_026528784v1 190 17
chrUn_NW_026528785v1 260 22
chrUn_NW_026528786v1 320 30
chrUn_NW_026528788v1 180 18
chrUn_NW_026528791v1 80 6
chrUn_NW_026528793v1 2460 218
chrUn_NW_026528795v1 1930 171
chrUn_NW_026528796v1 5300 456
chrUn_NW_026528797v1 52730 4336
chrUn_NW_026528798v1 10380 869
chrUn_NW_026528799v1 3770 315
chrUn_NW_026528880v1 320 28
chrUn_NW_026528882v1 300 29
chrUn_NW_026528883v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 270 25
chrUn_NW_026528885v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 1850 153
chrUn_NW_026528888v1 500 44
chrUn_NW_026528889v1 280 28
chrUn_NW_026528891v1 1000 88
chrUn_NW_026528893v1 170 16
chrUn_NW_026528894v1 9180 759
chrUn_NW_026528896v1 40 4
chrUn_NW_026528899v1 510 44
chrUn_NW_026528900v1 2660 226
chrUn_NW_026528902v1 3180 292
chrUn_NW_026528903v1 14356 1133
chrUn_NW_026528917v1 5340 449
chrUn_NW_026528926v1 2020 168
chrUn_NW_026528928v1 22560 1915
chrUn_NW_026528937v1 1830 175
chrUn_NW_026528938v1 330 32
chrUn_NW_026528950v1 570 48
chrUn_NW_026528952v1 510 48
chrUn_NW_026528957v1 21610 1866
chrUn_NW_026528960v1 3531 291
chrUn_NW_026528975v1 4100 344
chrUn_NW_026528984v1 1330 120
chrUn_NW_026528985v1 180 17
chrUn_NW_026528986v1 130 13
chrUn_NW_026528987v1 210 19
chrUn_NW_026528988v1 2550 220
chrUn_NW_026528989v1 280 28
chrUn_NW_026528992v1 200 20
chrUn_NW_026528994v1 60 6
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 590 59
chrUn_NW_026529007v1 5080 420
chrUn_NW_026529008v1 43030 3558
chrUn_NW_026529013v1 1500 134
chrUn_NW_026529015v1 3310 279
chrUn_NW_026529016v1 20400 1764
chrUn_NW_026529060v1 14775 1250
chrUn_NW_026529081v1 9000 764
chrUn_NW_026529085v1 16410 1409
chrX 56259000 37.97% 4575651
chrX_NW_026527892v1_random 7520 606
chrX_NW_026527894v1_random 9048 720
chrX_NW_026527897v1_random 3540 284
chrY 622040 7.56% 52410
chrY_NW_026527906v1_random 100 10
chrY_NW_026527909v1_random 500 45
chrY_NW_026527911v1_random 2040 184
chrY_NW_026527913v1_random 3820 339
chrY_NW_026527914v1_random 7793 631
chrY_NW_026527915v1_random 300 28
chrY_NW_026527916v1_random 860 84
chrY_NW_026527918v1_random 850 78
chrY_NW_026527919v1_random 1330 124
chrY_NW_026527927v1_random 510 50
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 1170 110
chrY_NW_026527938v1_random 12410 1033
chrY_NW_026527939v1_random 600 56
chrY_NW_026527942v1_random 5740 525
chrY_NW_026527945v1_random 260 26
chrY_NW_026527948v1_random 800 78
chrY_NW_026527949v1_random 19410 1570
chrY_NW_026527950v1_random 18230 1477
chrY_NW_026527951v1_random 3160 292
chrY_NW_026527955v1_random 3050 267
chrY_NW_026527956v1_random 2330 214
chrY_NW_026527958v1_random 2430 224
chrY_NW_026527960v1_random 2140 194
chrY_NW_026527961v1_random 5240 444
chrY_NW_026527966v1_random 50520 4385
chrY_NW_026527967v1_random 4140 378
chrY_NW_026527968v1_random 30650 2637
chrY_NW_026527969v1_random 870 78
chrY_NW_026527974v1_random 610 55
chrY_NW_026527980v1_random 2040 185

Segment lengths

segments min max mean median
segments 131268227 1 140 12.05 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_SST-RSPO2_GABA.bw 768.6 MB 0acfc9aee89c3c16b6cd41f91381c866
genomic_resource.yaml 1.14 KB c91670cfff760442d1d260e5fa461ff1
statistics/