Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_TAC3-PLPP4_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_TAC3-PLPP4_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_TAC3-PLPP4_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_TAC3-PLPP4_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_TAC3-PLPP4_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_TAC3-PLPP4_GABA [0.00438, 2.53]
n
943,733,401
mean
0.0106
sd
0.0218

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 943733401 77965343
chr1 74713090 34.28% 6176283
chr2 64772220 31.68% 5352717
chr3 49897720 26.00% 4153030
chr4 52037290 29.90% 4302964
chr5 71368730 43.42% 5888405
chr6 52215670 32.43% 4309182
chr7 59609550 37.84% 4904823
chr8 40597640 32.00% 3345926
chr9 45463120 33.92% 3753848
chr10 49266660 35.79% 4057120
chr11 46938730 36.19% 3880434
chr12 48634910 39.07% 3998675
chr13 39966050 33.60% 3290684
chr14 37279950 33.26% 3074571
chr15 36984490 37.28% 3041205
chr16 29352240 30.01% 2429838
chr17 22842130 30.48% 1885193
chr18 16257870 34.57% 1343047
chr19 18996420 36.84% 1561665
chr20 17792450 39.01% 1462885
chr21 15391620 30.03% 1275474
chr22 25363300 49.44% 2108293
chrUn_NW_026528016v1 270 24
chrUn_NW_026528017v1 2870 270
chrUn_NW_026528021v1 4725 381
chrUn_NW_026528026v1 4540 395
chrUn_NW_026528029v1 3837 302
chrUn_NW_026528038v1 4000 331
chrUn_NW_026528039v1 6500 552
chrUn_NW_026528065v1 1840 143
chrUn_NW_026528075v1 1940 175
chrUn_NW_026528103v1 570 51
chrUn_NW_026528123v1 110 11
chrUn_NW_026528125v1 820 71
chrUn_NW_026528140v1 3860 330
chrUn_NW_026528210v1 700 67
chrUn_NW_026528215v1 2180 204
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528218v1 90 9
chrUn_NW_026528219v1 190 18
chrUn_NW_026528220v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 30 3
chrUn_NW_026528224v1 120 10
chrUn_NW_026528225v1 930 86
chrUn_NW_026528226v1 680 59
chrUn_NW_026528228v1 1780 158
chrUn_NW_026528230v1 2440 216
chrUn_NW_026528232v1 6820 563
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 5120 419
chrUn_NW_026528285v1 530 45
chrUn_NW_026528292v1 120 12
chrUn_NW_026528295v1 2560 224
chrUn_NW_026528296v1 46330 3826
chrUn_NW_026528310v1 1080 100
chrUn_NW_026528320v1 220 22
chrUn_NW_026528327v1 120 12
chrUn_NW_026528332v1 220 22
chrUn_NW_026528335v1 220 19
chrUn_NW_026528338v1 360 36
chrUn_NW_026528339v1 430 41
chrUn_NW_026528345v1 170 14
chrUn_NW_026528347v1 150 14
chrUn_NW_026528350v1 280 26
chrUn_NW_026528353v1 480 44
chrUn_NW_026528356v1 220 21
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 2678 229
chrUn_NW_026528370v1 1260 109
chrUn_NW_026528371v1 6400 505
chrUn_NW_026528372v1 2640 220
chrUn_NW_026528373v1 8190 660
chrUn_NW_026528378v1 40 4
chrUn_NW_026528380v1 90 9
chrUn_NW_026528382v1 50 5
chrUn_NW_026528384v1 320 31
chrUn_NW_026528385v1 560 50
chrUn_NW_026528390v1 240 23
chrUn_NW_026528393v1 100 10
chrUn_NW_026528396v1 30 3
chrUn_NW_026528397v1 190 19
chrUn_NW_026528403v1 40 3
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528409v1 80 8
chrUn_NW_026528412v1 100 10
chrUn_NW_026528413v1 80 8
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528419v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 570 55
chrUn_NW_026528431v1 1830 169
chrUn_NW_026528432v1 4370 372
chrUn_NW_026528433v1 16380 1289
chrUn_NW_026528440v1 80 8
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 4280 380
chrUn_NW_026528558v1 20740 1878
chrUn_NW_026528559v1 800 70
chrUn_NW_026528561v1 1310 124
chrUn_NW_026528588v1 180 17
chrUn_NW_026528589v1 170 17
chrUn_NW_026528590v1 14520 1347
chrUn_NW_026528596v1 17280 1613
chrUn_NW_026528609v1 120 10
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 360 35
chrUn_NW_026528621v1 940 88
chrUn_NW_026528631v1 1630 143
chrUn_NW_026528634v1 2260 205
chrUn_NW_026528635v1 100 10
chrUn_NW_026528644v1 130 11
chrUn_NW_026528650v1 380 35
chrUn_NW_026528656v1 100 10
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 500 48
chrUn_NW_026528668v1 350 34
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 420 34
chrUn_NW_026528708v1 100 10
chrUn_NW_026528719v1 6930 622
chrUn_NW_026528737v1 790 72
chrUn_NW_026528739v1 100 10
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 150 15
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 120 11
chrUn_NW_026528751v1 40 4
chrUn_NW_026528752v1 80 8
chrUn_NW_026528754v1 140 14
chrUn_NW_026528755v1 1020 100
chrUn_NW_026528772v1 200 20
chrUn_NW_026528775v1 140 14
chrUn_NW_026528777v1 130 13
chrUn_NW_026528784v1 200 20
chrUn_NW_026528785v1 130 11
chrUn_NW_026528786v1 260 23
chrUn_NW_026528788v1 130 12
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 1920 168
chrUn_NW_026528795v1 990 92
chrUn_NW_026528796v1 1870 177
chrUn_NW_026528797v1 21840 1922
chrUn_NW_026528798v1 7690 630
chrUn_NW_026528799v1 2360 191
chrUn_NW_026528880v1 350 31
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 140 12
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 870 75
chrUn_NW_026528888v1 200 20
chrUn_NW_026528889v1 180 16
chrUn_NW_026528891v1 490 46
chrUn_NW_026528893v1 80 8
chrUn_NW_026528894v1 3640 339
chrUn_NW_026528899v1 160 16
chrUn_NW_026528900v1 2120 171
chrUn_NW_026528902v1 1790 163
chrUn_NW_026528903v1 8146 678
chrUn_NW_026528917v1 1370 122
chrUn_NW_026528926v1 980 80
chrUn_NW_026528928v1 10830 952
chrUn_NW_026528937v1 720 67
chrUn_NW_026528938v1 190 19
chrUn_NW_026528950v1 330 32
chrUn_NW_026528952v1 250 25
chrUn_NW_026528957v1 11360 1003
chrUn_NW_026528960v1 1260 116
chrUn_NW_026528975v1 1870 165
chrUn_NW_026528984v1 980 88
chrUn_NW_026528985v1 70 7
chrUn_NW_026528986v1 100 10
chrUn_NW_026528987v1 260 26
chrUn_NW_026528988v1 3540 300
chrUn_NW_026528989v1 200 20
chrUn_NW_026528990v1 80 8
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528994v1 110 10
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 300 23
chrUn_NW_026529007v1 2840 226
chrUn_NW_026529008v1 26980 2212
chrUn_NW_026529013v1 840 77
chrUn_NW_026529015v1 1600 138
chrUn_NW_026529016v1 9940 890
chrUn_NW_026529060v1 10390 828
chrUn_NW_026529081v1 2620 241
chrUn_NW_026529085v1 6360 545
chrX 27179657 18.34% 2298428
chrX_NW_026527892v1_random 1890 172
chrX_NW_026527894v1_random 5168 423
chrX_NW_026527897v1_random 1600 143
chrY 321770 3.91% 28038
chrY_NW_026527906v1_random 80 8
chrY_NW_026527909v1_random 270 25
chrY_NW_026527911v1_random 1200 116
chrY_NW_026527913v1_random 2400 216
chrY_NW_026527914v1_random 4070 350
chrY_NW_026527915v1_random 180 17
chrY_NW_026527916v1_random 640 60
chrY_NW_026527918v1_random 450 42
chrY_NW_026527919v1_random 810 74
chrY_NW_026527927v1_random 180 18
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 410 40
chrY_NW_026527938v1_random 6010 551
chrY_NW_026527939v1_random 250 24
chrY_NW_026527942v1_random 3040 286
chrY_NW_026527945v1_random 240 24
chrY_NW_026527948v1_random 330 32
chrY_NW_026527949v1_random 7050 621
chrY_NW_026527950v1_random 9340 782
chrY_NW_026527951v1_random 1280 124
chrY_NW_026527955v1_random 1460 138
chrY_NW_026527956v1_random 2190 198
chrY_NW_026527958v1_random 2180 194
chrY_NW_026527960v1_random 610 55
chrY_NW_026527961v1_random 2150 200
chrY_NW_026527966v1_random 31450 2822
chrY_NW_026527967v1_random 2340 213
chrY_NW_026527968v1_random 13000 1197
chrY_NW_026527969v1_random 740 66
chrY_NW_026527974v1_random 420 40
chrY_NW_026527980v1_random 770 74

Segment lengths

segments min max mean median
segments 77965343 5 140 12.1 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_TAC3-PLPP4_GABA.bw 532.8 MB 28c1f91f7a955eed552457a4f856f0d2
genomic_resource.yaml 1.14 KB 17d8274e87c39585be0b98c10ed63d21
statistics/