Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRd_Cholinergic_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRd_Cholinergic_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRd_Cholinergic_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_Cholinergic_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_Cholinergic_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_Cholinergic_GABA [0.0141, 2.05]
n
469,583,094
mean
0.0213
sd
0.0223

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 469583094 39855934
chr1 36841460 16.90% 3119213
chr2 32296441 15.79% 2752206
chr3 25360200 13.21% 2194711
chr4 26395980 15.17% 2260551
chr5 35521050 21.61% 2960647
chr6 25533070 15.86% 2177372
chr7 30057880 19.08% 2529045
chr8 20017310 15.78% 1708432
chr9 23319650 17.40% 1975746
chr10 23949940 17.40% 2026824
chr11 24041830 18.54% 2026226
chr12 23069950 18.53% 1943501
chr13 18975430 15.95% 1618626
chr14 18885840 16.85% 1604740
chr15 18613780 18.76% 1568694
chr16 15290310 15.63% 1308719
chr17 11837780 15.80% 1012079
chr18 8210410 17.46% 696087
chr19 9689670 18.79% 815854
chr20 8770880 19.23% 737132
chr21 7933860 15.48% 676048
chr22 12875630 25.10% 1063276
chrUn_NW_026528016v1 100 10
chrUn_NW_026528017v1 1110 106
chrUn_NW_026528021v1 1745 147
chrUn_NW_026528026v1 1620 148
chrUn_NW_026528029v1 1710 132
chrUn_NW_026528038v1 1460 135
chrUn_NW_026528039v1 3190 277
chrUn_NW_026528065v1 760 57
chrUn_NW_026528075v1 470 44
chrUn_NW_026528103v1 220 21
chrUn_NW_026528125v1 290 28
chrUn_NW_026528140v1 3470 306
chrUn_NW_026528210v1 390 39
chrUn_NW_026528215v1 1070 102
chrUn_NW_026528219v1 60 6
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 350 33
chrUn_NW_026528226v1 250 21
chrUn_NW_026528228v1 640 63
chrUn_NW_026528230v1 1460 132
chrUn_NW_026528232v1 3840 340
chrUn_NW_026528278v1 1660 142
chrUn_NW_026528285v1 230 21
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 830 81
chrUn_NW_026528296v1 26630 2173
chrUn_NW_026528310v1 560 55
chrUn_NW_026528320v1 80 8
chrUn_NW_026528327v1 20 2
chrUn_NW_026528332v1 80 8
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 90 8
chrUn_NW_026528339v1 170 16
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528347v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 120 12
chrUn_NW_026528353v1 140 13
chrUn_NW_026528356v1 120 12
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 390 37
chrUn_NW_026528370v1 620 55
chrUn_NW_026528371v1 2940 247
chrUn_NW_026528372v1 1680 140
chrUn_NW_026528373v1 3990 342
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 120 9
chrUn_NW_026528385v1 180 18
chrUn_NW_026528390v1 140 13
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528402v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 40 4
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528413v1 40 4
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 220 21
chrUn_NW_026528431v1 1420 138
chrUn_NW_026528432v1 1980 178
chrUn_NW_026528433v1 9170 755
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 1490 143
chrUn_NW_026528558v1 6120 583
chrUn_NW_026528559v1 190 19
chrUn_NW_026528561v1 1450 133
chrUn_NW_026528588v1 120 12
chrUn_NW_026528589v1 40 4
chrUn_NW_026528590v1 6130 590
chrUn_NW_026528596v1 5780 554
chrUn_NW_026528609v1 100 10
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 120 12
chrUn_NW_026528621v1 370 32
chrUn_NW_026528631v1 680 67
chrUn_NW_026528634v1 770 77
chrUn_NW_026528635v1 90 7
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 100 10
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 60 6
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 1840 178
chrUn_NW_026528737v1 350 31
chrUn_NW_026528739v1 80 8
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 350 35
chrUn_NW_026528772v1 20 2
chrUn_NW_026528775v1 80 8
chrUn_NW_026528777v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 30 3
chrUn_NW_026528785v1 40 4
chrUn_NW_026528786v1 60 6
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 420 42
chrUn_NW_026528795v1 250 24
chrUn_NW_026528796v1 760 73
chrUn_NW_026528797v1 10510 959
chrUn_NW_026528798v1 2410 220
chrUn_NW_026528799v1 530 48
chrUn_NW_026528880v1 140 13
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 40 4
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 480 46
chrUn_NW_026528888v1 60 6
chrUn_NW_026528889v1 100 10
chrUn_NW_026528891v1 200 19
chrUn_NW_026528893v1 40 4
chrUn_NW_026528894v1 2410 221
chrUn_NW_026528899v1 40 4
chrUn_NW_026528900v1 980 91
chrUn_NW_026528902v1 630 62
chrUn_NW_026528903v1 5190 450
chrUn_NW_026528917v1 980 92
chrUn_NW_026528926v1 350 33
chrUn_NW_026528928v1 2560 243
chrUn_NW_026528937v1 280 28
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528950v1 120 12
chrUn_NW_026528952v1 60 6
chrUn_NW_026528957v1 2990 290
chrUn_NW_026528960v1 720 70
chrUn_NW_026528975v1 360 36
chrUn_NW_026528984v1 380 37
chrUn_NW_026528987v1 60 6
chrUn_NW_026528988v1 390 39
chrUn_NW_026528989v1 60 6
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 120 12
chrUn_NW_026529007v1 1040 94
chrUn_NW_026529008v1 15590 1310
chrUn_NW_026529013v1 100 10
chrUn_NW_026529015v1 120 12
chrUn_NW_026529016v1 3100 287
chrUn_NW_026529060v1 4060 329
chrUn_NW_026529081v1 1610 154
chrUn_NW_026529085v1 3520 314
chrX 11692970 7.89% 1044103
chrX_NW_026527892v1_random 940 88
chrX_NW_026527894v1_random 2198 191
chrX_NW_026527897v1_random 790 69
chrY 186370 2.27% 16830
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 360 33
chrY_NW_026527911v1_random 540 51
chrY_NW_026527913v1_random 1000 95
chrY_NW_026527914v1_random 1740 162
chrY_NW_026527915v1_random 70 6
chrY_NW_026527916v1_random 200 20
chrY_NW_026527918v1_random 60 6
chrY_NW_026527919v1_random 590 57
chrY_NW_026527927v1_random 260 26
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 320 30
chrY_NW_026527938v1_random 1650 155
chrY_NW_026527939v1_random 80 8
chrY_NW_026527942v1_random 1430 141
chrY_NW_026527948v1_random 210 21
chrY_NW_026527949v1_random 2570 235
chrY_NW_026527950v1_random 4340 388
chrY_NW_026527951v1_random 680 68
chrY_NW_026527955v1_random 860 83
chrY_NW_026527956v1_random 1100 95
chrY_NW_026527958v1_random 980 90
chrY_NW_026527960v1_random 300 26
chrY_NW_026527961v1_random 1140 108
chrY_NW_026527966v1_random 15240 1369
chrY_NW_026527967v1_random 770 75
chrY_NW_026527968v1_random 5280 512
chrY_NW_026527969v1_random 330 26
chrY_NW_026527974v1_random 140 14
chrY_NW_026527980v1_random 90 9

Segment lengths

segments min max mean median
segments 39855934 1 130 11.78 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRd_Cholinergic_GABA.bw 235.08 MB ac485284fd3f9e06c98d71e1397e2a0f
genomic_resource.yaml 1.15 KB d2fcb6dd2fe42df75248fd8a39eff6ae
statistics/