Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRd_D1_Striosome_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRd_D1_Striosome_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRd_D1_Striosome_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D1_Striosome_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D1_Striosome_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D1_Striosome_MSN [0.00171, 2.26]
n
1,549,188,255
mean
0.00645
sd
0.0171

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1549188255 129131193
chr1 121309250 55.66% 10104319
chr2 110009750 53.80% 9115870
chr3 93826470 48.89% 7705403
chr4 92472780 53.13% 7664544
chr5 102719490 62.50% 8692581
chr6 85185170 52.91% 7042100
chr7 93666900 59.45% 7849197
chr8 68544390 54.04% 5689543
chr9 75318290 56.19% 6296683
chr10 79168690 57.51% 6646260
chr11 74997510 57.83% 6295857
chr12 73608800 59.13% 6179466
chr13 64603050 54.32% 5340254
chr14 61136330 54.54% 5094423
chr15 58234950 58.71% 4882893
chr16 52306060 53.47% 4313296
chr17 40178170 53.61% 3314185
chr18 26857910 57.11% 2256343
chr19 30267610 58.69% 2543749
chr20 27134860 59.49% 2276537
chr21 26033460 50.79% 2150482
chr22 34999150 68.22% 3045655
chrUn_NW_026528016v1 550 51
chrUn_NW_026528017v1 5440 512
chrUn_NW_026528021v1 6230 525
chrUn_NW_026528026v1 7070 608
chrUn_NW_026528029v1 4747 404
chrUn_NW_026528038v1 9030 727
chrUn_NW_026528039v1 14290 1214
chrUn_NW_026528065v1 2330 199
chrUn_NW_026528075v1 3900 316
chrUn_NW_026528103v1 900 80
chrUn_NW_026528123v1 170 16
chrUn_NW_026528125v1 1340 120
chrUn_NW_026528140v1 8480 705
chrUn_NW_026528210v1 2410 218
chrUn_NW_026528215v1 5120 446
chrUn_NW_026528217v1 80 8
chrUn_NW_026528218v1 110 10
chrUn_NW_026528219v1 310 30
chrUn_NW_026528220v1 80 8
chrUn_NW_026528221v1 60 6
chrUn_NW_026528222v1 120 11
chrUn_NW_026528224v1 210 18
chrUn_NW_026528225v1 1220 108
chrUn_NW_026528226v1 930 87
chrUn_NW_026528228v1 3220 283
chrUn_NW_026528230v1 4460 374
chrUn_NW_026528232v1 21110 1776
chrUn_NW_026528259v1 130 12
chrUn_NW_026528278v1 9020 745
chrUn_NW_026528285v1 1300 112
chrUn_NW_026528292v1 500 44
chrUn_NW_026528295v1 3460 300
chrUn_NW_026528296v1 56350 4899
chrUn_NW_026528310v1 2340 219
chrUn_NW_026528320v1 680 63
chrUn_NW_026528327v1 390 34
chrUn_NW_026528332v1 470 46
chrUn_NW_026528335v1 280 28
chrUn_NW_026528338v1 570 49
chrUn_NW_026528339v1 660 63
chrUn_NW_026528345v1 330 31
chrUn_NW_026528347v1 180 16
chrUn_NW_026528350v1 350 32
chrUn_NW_026528353v1 590 54
chrUn_NW_026528356v1 540 49
chrUn_NW_026528358v1 60 6
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 3700 316
chrUn_NW_026528370v1 2970 253
chrUn_NW_026528371v1 13020 1077
chrUn_NW_026528372v1 4070 329
chrUn_NW_026528373v1 11040 882
chrUn_NW_026528378v1 120 11
chrUn_NW_026528380v1 180 17
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 550 52
chrUn_NW_026528385v1 1060 96
chrUn_NW_026528390v1 680 63
chrUn_NW_026528393v1 350 32
chrUn_NW_026528396v1 90 8
chrUn_NW_026528397v1 180 18
chrUn_NW_026528402v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 210 18
chrUn_NW_026528404v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 80 8
chrUn_NW_026528409v1 190 18
chrUn_NW_026528412v1 330 30
chrUn_NW_026528413v1 330 31
chrUn_NW_026528416v1 170 16
chrUn_NW_026528419v1 60 5
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 1070 101
chrUn_NW_026528431v1 5110 431
chrUn_NW_026528432v1 8110 657
chrUn_NW_026528433v1 26590 2232
chrUn_NW_026528440v1 100 10
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 7560 653
chrUn_NW_026528558v1 32160 2817
chrUn_NW_026528559v1 1260 103
chrUn_NW_026528561v1 4510 386
chrUn_NW_026528588v1 470 46
chrUn_NW_026528589v1 470 44
chrUn_NW_026528590v1 28640 2506
chrUn_NW_026528596v1 48710 4091
chrUn_NW_026528609v1 840 69
chrUn_NW_026528611v1 150 15
chrUn_NW_026528615v1 460 43
chrUn_NW_026528621v1 3890 335
chrUn_NW_026528631v1 4470 379
chrUn_NW_026528634v1 5010 423
chrUn_NW_026528635v1 140 13
chrUn_NW_026528644v1 110 10
chrUn_NW_026528650v1 410 39
chrUn_NW_026528656v1 140 12
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 240 22
chrUn_NW_026528668v1 420 42
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 320 28
chrUn_NW_026528708v1 180 18
chrUn_NW_026528719v1 10930 954
chrUn_NW_026528737v1 940 83
chrUn_NW_026528739v1 400 40
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 380 36
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528749v1 50 5
chrUn_NW_026528750v1 250 25
chrUn_NW_026528751v1 40 4
chrUn_NW_026528752v1 150 15
chrUn_NW_026528754v1 280 26
chrUn_NW_026528755v1 2628 241
chrUn_NW_026528772v1 380 33
chrUn_NW_026528775v1 240 20
chrUn_NW_026528777v1 120 12
chrUn_NW_026528784v1 280 26
chrUn_NW_026528785v1 220 21
chrUn_NW_026528786v1 470 45
chrUn_NW_026528788v1 160 16
chrUn_NW_026528791v1 30 3
chrUn_NW_026528792v1 70 7
chrUn_NW_026528793v1 2400 212
chrUn_NW_026528795v1 1170 105
chrUn_NW_026528796v1 3540 323
chrUn_NW_026528797v1 44830 3700
chrUn_NW_026528798v1 13620 1164
chrUn_NW_026528799v1 5990 516
chrUn_NW_026528880v1 550 47
chrUn_NW_026528882v1 160 15
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 140 14
chrUn_NW_026528885v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 1660 149
chrUn_NW_026528888v1 390 34
chrUn_NW_026528889v1 350 32
chrUn_NW_026528891v1 870 70
chrUn_NW_026528893v1 220 21
chrUn_NW_026528894v1 10200 838
chrUn_NW_026528896v1 70 6
chrUn_NW_026528899v1 250 24
chrUn_NW_026528900v1 2910 254
chrUn_NW_026528902v1 3710 330
chrUn_NW_026528903v1 11716 938
chrUn_NW_026528917v1 3990 321
chrUn_NW_026528926v1 1630 142
chrUn_NW_026528928v1 17940 1569
chrUn_NW_026528937v1 1360 123
chrUn_NW_026528938v1 370 35
chrUn_NW_026528950v1 350 31
chrUn_NW_026528952v1 350 34
chrUn_NW_026528957v1 17400 1500
chrUn_NW_026528960v1 5471 466
chrUn_NW_026528975v1 3050 258
chrUn_NW_026528984v1 1360 126
chrUn_NW_026528985v1 120 12
chrUn_NW_026528986v1 100 10
chrUn_NW_026528987v1 220 21
chrUn_NW_026528988v1 2720 239
chrUn_NW_026528989v1 320 31
chrUn_NW_026528992v1 240 24
chrUn_NW_026528994v1 130 11
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 610 50
chrUn_NW_026529007v1 5390 455
chrUn_NW_026529008v1 36220 3031
chrUn_NW_026529013v1 1020 91
chrUn_NW_026529015v1 2350 206
chrUn_NW_026529016v1 17440 1499
chrUn_NW_026529060v1 16055 1403
chrUn_NW_026529081v1 7030 614
chrUn_NW_026529085v1 13240 1120
chrX 55029850 37.14% 4497500
chrX_NW_026527892v1_random 6090 512
chrX_NW_026527894v1_random 9290 767
chrX_NW_026527897v1_random 2970 248
chrY 695650 8.45% 58388
chrY_NW_026527906v1_random 80 8
chrY_NW_026527909v1_random 1040 99
chrY_NW_026527911v1_random 4410 370
chrY_NW_026527913v1_random 4180 370
chrY_NW_026527914v1_random 9293 725
chrY_NW_026527915v1_random 300 29
chrY_NW_026527916v1_random 1040 99
chrY_NW_026527918v1_random 830 74
chrY_NW_026527919v1_random 2750 244
chrY_NW_026527927v1_random 720 68
chrY_NW_026527931v1_random 70 7
chrY_NW_026527932v1_random 1290 117
chrY_NW_026527938v1_random 8960 796
chrY_NW_026527939v1_random 520 48
chrY_NW_026527942v1_random 6070 551
chrY_NW_026527945v1_random 230 23
chrY_NW_026527948v1_random 1080 103
chrY_NW_026527949v1_random 18130 1458
chrY_NW_026527950v1_random 16010 1292
chrY_NW_026527951v1_random 2830 264
chrY_NW_026527955v1_random 3080 275
chrY_NW_026527956v1_random 2255 204
chrY_NW_026527958v1_random 2540 228
chrY_NW_026527960v1_random 1550 141
chrY_NW_026527961v1_random 5050 432
chrY_NW_026527966v1_random 48000 4257
chrY_NW_026527967v1_random 5960 536
chrY_NW_026527968v1_random 31020 2674
chrY_NW_026527969v1_random 1160 105
chrY_NW_026527974v1_random 850 76
chrY_NW_026527980v1_random 1270 120

Segment lengths

segments min max mean median
segments 129131193 3 150 12 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRd_D1_Striosome_MSN.bw 766.59 MB 8549c542fd8ef9415448b078e10135f4
genomic_resource.yaml 1.15 KB cb14cc93c4297c09e657e486397d88eb
statistics/