Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRd_D2_Matrix_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRd_D2_Matrix_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRd_D2_Matrix_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_Matrix_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_Matrix_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_Matrix_MSN [0.000368, 2.18]
n
2,385,412,793
mean
0.00419
sd
0.0134

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2385412793 216974087
chr1 184327710 84.57% 16766870
chr2 173236710 84.72% 15707183
chr3 157601630 82.12% 14139332
chr4 146466710 84.16% 13276466
chr5 143527990 87.33% 13274878
chr6 135126339 83.93% 12237422
chr7 137434280 87.23% 12620709
chr8 107452000 84.71% 9748714
chr9 113955680 85.01% 10397355
chr10 117989600 85.70% 10809025
chr11 111183600 85.73% 10173045
chr12 107245330 86.15% 9857028
chr13 101374340 85.24% 9217403
chr14 94922180 84.68% 8627271
chr15 86003057 86.70% 7888744
chr16 83462110 85.32% 7554600
chr17 63461740 84.68% 5754863
chr18 39657460 84.32% 3634546
chr19 43895400 85.12% 4038211
chr20 39217430 85.97% 3601577
chr21 42317830 82.56% 3815333
chr22 44383740 86.52% 4171578
chrUn_NW_026528016v1 2100 177
chrUn_NW_026528017v1 22780 1890
chrUn_NW_026528021v1 7425 711
chrUn_NW_026528026v1 20430 1750
chrUn_NW_026528029v1 5507 524
chrUn_NW_026528038v1 18300 1598
chrUn_NW_026528039v1 35470 3008
chrUn_NW_026528065v1 2780 262
chrUn_NW_026528075v1 9200 772
chrUn_NW_026528103v1 3220 280
chrUn_NW_026528123v1 480 42
chrUn_NW_026528125v1 4590 404
chrUn_NW_026528140v1 20550 1734
chrUn_NW_026528210v1 8760 748
chrUn_NW_026528215v1 14950 1212
chrUn_NW_026528217v1 330 26
chrUn_NW_026528218v1 350 33
chrUn_NW_026528219v1 1060 87
chrUn_NW_026528220v1 310 28
chrUn_NW_026528221v1 200 17
chrUn_NW_026528222v1 370 34
chrUn_NW_026528224v1 560 53
chrUn_NW_026528225v1 4240 364
chrUn_NW_026528226v1 1930 167
chrUn_NW_026528228v1 11880 1007
chrUn_NW_026528230v1 11700 976
chrUn_NW_026528232v1 32500 2988
chrUn_NW_026528259v1 490 45
chrUn_NW_026528278v1 15300 1352
chrUn_NW_026528285v1 3380 284
chrUn_NW_026528292v1 1440 122
chrUn_NW_026528295v1 11200 948
chrUn_NW_026528296v1 68263 6564
chrUn_NW_026528310v1 8400 697
chrUn_NW_026528320v1 3230 279
chrUn_NW_026528327v1 2070 176
chrUn_NW_026528332v1 2150 185
chrUn_NW_026528335v1 1720 150
chrUn_NW_026528338v1 2990 253
chrUn_NW_026528339v1 3360 280
chrUn_NW_026528345v1 920 83
chrUn_NW_026528347v1 850 70
chrUn_NW_026528350v1 1370 124
chrUn_NW_026528353v1 2680 236
chrUn_NW_026528356v1 1910 164
chrUn_NW_026528358v1 260 23
chrUn_NW_026528360v1 210 19
chrUn_NW_026528363v1 12028 965
chrUn_NW_026528370v1 6380 553
chrUn_NW_026528371v1 22400 2015
chrUn_NW_026528372v1 8640 745
chrUn_NW_026528373v1 24430 2088
chrUn_NW_026528378v1 690 59
chrUn_NW_026528380v1 630 55
chrUn_NW_026528381v1 90 9
chrUn_NW_026528382v1 410 38
chrUn_NW_026528384v1 1990 172
chrUn_NW_026528385v1 3360 288
chrUn_NW_026528390v1 2770 241
chrUn_NW_026528393v1 990 88
chrUn_NW_026528396v1 440 40
chrUn_NW_026528397v1 1080 96
chrUn_NW_026528402v1 370 35
chrUn_NW_026528403v1 450 40
chrUn_NW_026528404v1 130 12
chrUn_NW_026528408v1 520 46
chrUn_NW_026528409v1 710 64
chrUn_NW_026528412v1 1080 98
chrUn_NW_026528413v1 500 41
chrUn_NW_026528416v1 490 44
chrUn_NW_026528419v1 160 15
chrUn_NW_026528420v1 290 28
chrUn_NW_026528423v1 4590 378
chrUn_NW_026528431v1 13380 1094
chrUn_NW_026528432v1 17440 1556
chrUn_NW_026528433v1 33970 3180
chrUn_NW_026528440v1 320 29
chrUn_NW_026528471v1 130 12
chrUn_NW_026528480v1 24120 2085
chrUn_NW_026528558v1 96130 8411
chrUn_NW_026528559v1 3950 341
chrUn_NW_026528561v1 12860 1037
chrUn_NW_026528588v1 1960 164
chrUn_NW_026528589v1 2050 181
chrUn_NW_026528590v1 96220 7813
chrUn_NW_026528596v1 137530 11417
chrUn_NW_026528609v1 2000 172
chrUn_NW_026528611v1 810 70
chrUn_NW_026528615v1 1580 124
chrUn_NW_026528621v1 10190 858
chrUn_NW_026528631v1 9030 801
chrUn_NW_026528634v1 14270 1158
chrUn_NW_026528635v1 1100 105
chrUn_NW_026528644v1 670 57
chrUn_NW_026528650v1 1550 131
chrUn_NW_026528656v1 720 65
chrUn_NW_026528660v1 130 11
chrUn_NW_026528661v1 1410 132
chrUn_NW_026528668v1 1580 141
chrUn_NW_026528670v1 370 34
chrUn_NW_026528677v1 1020 89
chrUn_NW_026528708v1 690 61
chrUn_NW_026528719v1 29530 2606
chrUn_NW_026528737v1 3030 258
chrUn_NW_026528739v1 2020 185
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 160 14
chrUn_NW_026528745v1 1310 115
chrUn_NW_026528748v1 590 53
chrUn_NW_026528749v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 1000 86
chrUn_NW_026528751v1 140 13
chrUn_NW_026528752v1 640 62
chrUn_NW_026528754v1 1130 95
chrUn_NW_026528755v1 9070 763
chrUn_NW_026528772v1 1560 129
chrUn_NW_026528775v1 890 79
chrUn_NW_026528777v1 470 42
chrUn_NW_026528784v1 790 71
chrUn_NW_026528785v1 630 55
chrUn_NW_026528786v1 1960 171
chrUn_NW_026528788v1 570 54
chrUn_NW_026528791v1 210 17
chrUn_NW_026528792v1 220 20
chrUn_NW_026528793v1 7570 669
chrUn_NW_026528795v1 4420 379
chrUn_NW_026528796v1 13960 1153
chrUn_NW_026528797v1 104610 8974
chrUn_NW_026528798v1 23100 2069
chrUn_NW_026528799v1 13170 1127
chrUn_NW_026528880v1 1290 111
chrUn_NW_026528882v1 840 73
chrUn_NW_026528883v1 140 14
chrUn_NW_026528884v1 770 69
chrUn_NW_026528885v1 530 44
chrUn_NW_026528886v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 4330 363
chrUn_NW_026528888v1 1370 112
chrUn_NW_026528889v1 1410 126
chrUn_NW_026528891v1 3280 285
chrUn_NW_026528893v1 740 66
chrUn_NW_026528894v1 26110 2094
chrUn_NW_026528896v1 120 10
chrUn_NW_026528899v1 1090 99
chrUn_NW_026528900v1 6390 558
chrUn_NW_026528902v1 11440 978
chrUn_NW_026528903v1 25576 2174
chrUn_NW_026528917v1 8240 699
chrUn_NW_026528926v1 4250 362
chrUn_NW_026528928v1 52750 4504
chrUn_NW_026528937v1 5520 460
chrUn_NW_026528938v1 1210 106
chrUn_NW_026528950v1 1420 116
chrUn_NW_026528952v1 1060 93
chrUn_NW_026528957v1 47770 4126
chrUn_NW_026528960v1 10970 950
chrUn_NW_026528975v1 7830 645
chrUn_NW_026528984v1 3870 324
chrUn_NW_026528985v1 540 44
chrUn_NW_026528986v1 430 37
chrUn_NW_026528987v1 670 62
chrUn_NW_026528988v1 8160 687
chrUn_NW_026528989v1 890 79
chrUn_NW_026528990v1 80 8
chrUn_NW_026528992v1 1060 93
chrUn_NW_026528994v1 280 27
chrUn_NW_026528995v1 100 10
chrUn_NW_026528996v1 2660 228
chrUn_NW_026529007v1 10890 944
chrUn_NW_026529008v1 67450 5899
chrUn_NW_026529013v1 3720 315
chrUn_NW_026529015v1 7200 604
chrUn_NW_026529016v1 44980 3917
chrUn_NW_026529060v1 20055 1916
chrUn_NW_026529081v1 21580 1840
chrUn_NW_026529085v1 34280 2912
chrX 107411587 72.49% 9342426
chrX_NW_026527892v1_random 15590 1312
chrX_NW_026527894v1_random 16588 1448
chrX_NW_026527897v1_random 8750 692
chrY 1591390 19.34% 133353
chrY_NW_026527906v1_random 780 71
chrY_NW_026527909v1_random 2890 252
chrY_NW_026527911v1_random 11330 932
chrY_NW_026527913v1_random 11420 944
chrY_NW_026527914v1_random 19223 1635
chrY_NW_026527915v1_random 930 83
chrY_NW_026527916v1_random 4180 353
chrY_NW_026527918v1_random 3040 251
chrY_NW_026527919v1_random 7110 593
chrY_NW_026527927v1_random 2420 212
chrY_NW_026527928v1_random 150 13
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 5250 449
chrY_NW_026527938v1_random 27540 2307
chrY_NW_026527939v1_random 2060 171
chrY_NW_026527942v1_random 23440 1883
chrY_NW_026527945v1_random 1430 122
chrY_NW_026527948v1_random 4270 367
chrY_NW_026527949v1_random 38000 3275
chrY_NW_026527950v1_random 34420 2941
chrY_NW_026527951v1_random 12210 1057
chrY_NW_026527955v1_random 11000 888
chrY_NW_026527956v1_random 3645 337
chrY_NW_026527958v1_random 4210 376
chrY_NW_026527960v1_random 5910 507
chrY_NW_026527961v1_random 15190 1260
chrY_NW_026527966v1_random 112630 9832
chrY_NW_026527967v1_random 18410 1524
chrY_NW_026527968v1_random 95830 8065
chrY_NW_026527969v1_random 2800 249
chrY_NW_026527974v1_random 3450 294
chrY_NW_026527980v1_random 5640 474

Segment lengths

segments min max mean median
segments 216974087 3 130 10.99 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRd_D2_Matrix_MSN.bw 1.16 GB 9907f4408b29d3e00ff9ba3ea1eebdde
genomic_resource.yaml 1.14 KB ea6a0972b7da7802ebde7e4a30efb176
statistics/