Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN [0.00896, 1.9]
n
622,529,147
mean
0.0161
sd
0.0233

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 622529147 52066776
chr1 48218800 22.12% 4027953
chr2 41710500 20.40% 3511622
chr3 33447620 17.43% 2850474
chr4 34809470 20.00% 2939426
chr5 45960390 27.96% 3785143
chr6 33355410 20.72% 2800673
chr7 39895880 25.32% 3308917
chr8 26312760 20.74% 2212476
chr9 30693570 22.90% 2562854
chr10 33994640 24.69% 2822873
chr11 31209780 24.07% 2596413
chr12 31345530 25.18% 2597880
chr13 25513250 21.45% 2142843
chr14 24875140 22.19% 2079870
chr15 24829660 25.03% 2059009
chr16 19220770 19.65% 1625411
chr17 15115070 20.17% 1275345
chr18 11473980 24.40% 953552
chr19 12871800 24.96% 1066299
chr20 11862470 26.01% 981200
chr21 9607510 18.74% 810313
chr22 17963830 35.02% 1465204
chrUn_NW_026528016v1 170 17
chrUn_NW_026528017v1 1560 153
chrUn_NW_026528021v1 2590 203
chrUn_NW_026528026v1 2330 211
chrUn_NW_026528029v1 1800 141
chrUn_NW_026528038v1 2280 198
chrUn_NW_026528039v1 3760 335
chrUn_NW_026528065v1 1330 100
chrUn_NW_026528075v1 1010 95
chrUn_NW_026528103v1 220 21
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 470 44
chrUn_NW_026528140v1 2570 226
chrUn_NW_026528210v1 860 82
chrUn_NW_026528215v1 1330 122
chrUn_NW_026528218v1 60 6
chrUn_NW_026528219v1 140 13
chrUn_NW_026528220v1 60 6
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 40 4
chrUn_NW_026528225v1 240 23
chrUn_NW_026528226v1 280 27
chrUn_NW_026528228v1 800 74
chrUn_NW_026528230v1 1190 109
chrUn_NW_026528232v1 7680 631
chrUn_NW_026528278v1 2980 263
chrUn_NW_026528285v1 250 25
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 850 81
chrUn_NW_026528296v1 26000 2120
chrUn_NW_026528310v1 650 63
chrUn_NW_026528320v1 180 17
chrUn_NW_026528327v1 100 10
chrUn_NW_026528332v1 80 8
chrUn_NW_026528335v1 100 9
chrUn_NW_026528338v1 180 18
chrUn_NW_026528339v1 140 14
chrUn_NW_026528345v1 120 12
chrUn_NW_026528347v1 60 6
chrUn_NW_026528350v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 320 31
chrUn_NW_026528356v1 80 8
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 1330 121
chrUn_NW_026528370v1 830 72
chrUn_NW_026528371v1 4810 416
chrUn_NW_026528372v1 1380 122
chrUn_NW_026528373v1 4010 355
chrUn_NW_026528378v1 60 5
chrUn_NW_026528384v1 220 22
chrUn_NW_026528385v1 220 22
chrUn_NW_026528390v1 180 18
chrUn_NW_026528393v1 60 6
chrUn_NW_026528396v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528404v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528412v1 110 11
chrUn_NW_026528413v1 40 4
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 320 31
chrUn_NW_026528431v1 990 94
chrUn_NW_026528432v1 2430 210
chrUn_NW_026528433v1 11860 964
chrUn_NW_026528480v1 2540 227
chrUn_NW_026528558v1 10080 951
chrUn_NW_026528559v1 320 30
chrUn_NW_026528561v1 1230 117
chrUn_NW_026528588v1 100 10
chrUn_NW_026528589v1 160 15
chrUn_NW_026528590v1 8160 772
chrUn_NW_026528596v1 12540 1179
chrUn_NW_026528609v1 140 14
chrUn_NW_026528611v1 60 6
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 840 77
chrUn_NW_026528631v1 1370 123
chrUn_NW_026528634v1 870 83
chrUn_NW_026528635v1 80 8
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 100 10
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 140 12
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 80 8
chrUn_NW_026528708v1 40 4
chrUn_NW_026528719v1 2350 221
chrUn_NW_026528737v1 250 24
chrUn_NW_026528739v1 120 12
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 40 4
chrUn_NW_026528755v1 650 62
chrUn_NW_026528772v1 90 9
chrUn_NW_026528775v1 60 6
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528784v1 70 7
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 100 10
chrUn_NW_026528788v1 60 4
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 400 38
chrUn_NW_026528795v1 180 18
chrUn_NW_026528796v1 1080 103
chrUn_NW_026528797v1 12110 1087
chrUn_NW_026528798v1 6330 527
chrUn_NW_026528799v1 2310 196
chrUn_NW_026528880v1 80 7
chrUn_NW_026528882v1 90 8
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528885v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 470 44
chrUn_NW_026528888v1 60 6
chrUn_NW_026528889v1 130 13
chrUn_NW_026528891v1 320 29
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 2270 208
chrUn_NW_026528896v1 60 6
chrUn_NW_026528899v1 80 8
chrUn_NW_026528900v1 740 65
chrUn_NW_026528902v1 850 82
chrUn_NW_026528903v1 2910 260
chrUn_NW_026528917v1 1450 133
chrUn_NW_026528926v1 520 46
chrUn_NW_026528928v1 4230 396
chrUn_NW_026528937v1 580 57
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 100 10
chrUn_NW_026528952v1 100 10
chrUn_NW_026528957v1 4400 404
chrUn_NW_026528960v1 2300 207
chrUn_NW_026528975v1 830 75
chrUn_NW_026528984v1 330 32
chrUn_NW_026528985v1 80 8
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 100 9
chrUn_NW_026528988v1 440 42
chrUn_NW_026528989v1 80 8
chrUn_NW_026528990v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 120 11
chrUn_NW_026528996v1 120 12
chrUn_NW_026529007v1 1880 162
chrUn_NW_026529008v1 14380 1203
chrUn_NW_026529013v1 180 17
chrUn_NW_026529015v1 650 60
chrUn_NW_026529016v1 5150 473
chrUn_NW_026529060v1 7560 592
chrUn_NW_026529081v1 1470 140
chrUn_NW_026529085v1 3830 345
chrX 17765537 11.99% 1548766
chrX_NW_026527892v1_random 1810 165
chrX_NW_026527894v1_random 2380 209
chrX_NW_026527897v1_random 960 84
chrY 196410 2.39% 17442
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 260 26
chrY_NW_026527911v1_random 940 87
chrY_NW_026527913v1_random 1070 99
chrY_NW_026527914v1_random 2510 223
chrY_NW_026527915v1_random 100 10
chrY_NW_026527916v1_random 260 26
chrY_NW_026527918v1_random 220 19
chrY_NW_026527919v1_random 370 34
chrY_NW_026527927v1_random 160 14
chrY_NW_026527932v1_random 200 20
chrY_NW_026527938v1_random 3210 307
chrY_NW_026527939v1_random 190 18
chrY_NW_026527942v1_random 1160 113
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527948v1_random 340 33
chrY_NW_026527949v1_random 5160 458
chrY_NW_026527950v1_random 3870 359
chrY_NW_026527951v1_random 900 87
chrY_NW_026527955v1_random 810 74
chrY_NW_026527956v1_random 1330 121
chrY_NW_026527958v1_random 1520 129
chrY_NW_026527960v1_random 400 38
chrY_NW_026527961v1_random 1070 102
chrY_NW_026527966v1_random 19610 1763
chrY_NW_026527967v1_random 1300 127
chrY_NW_026527968v1_random 7630 726
chrY_NW_026527969v1_random 290 24
chrY_NW_026527974v1_random 290 28
chrY_NW_026527980v1_random 250 24

Segment lengths

segments min max mean median
segments 52066776 7 150 11.96 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRd_D2_StrioMat_Hybrid_MSN.bw 286.57 MB c94d00022e99fa2e6715d95a6e03dd1a
genomic_resource.yaml 1.17 KB 748e228268afe85e9babd67560065a1e
statistics/