Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRv_D1_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRv_D1_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRv_D1_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_MSN [0.000967, 2]
n
1,978,744,927
mean
0.00505
sd
0.0142

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1978744927 169900907
chr1 152889290 70.15% 13126790
chr2 142596640 69.73% 12188880
chr3 125735780 65.52% 10605400
chr4 119555570 68.69% 10200135
chr5 124633570 75.83% 10925352
chr6 111512020 69.26% 9520186
chr7 116441250 73.91% 10094021
chr8 88484780 69.76% 7557723
chr9 95124610 70.96% 8186761
chr10 99649230 72.38% 8631547
chr11 93687070 72.24% 8101715
chr12 91158430 73.23% 7915716
chr13 83352400 70.08% 7117419
chr14 78307960 69.86% 6708720
chr15 72712480 73.30% 6296352
chr16 67907630 69.42% 5774755
chr17 52040550 69.44% 4436158
chr18 33329626 70.87% 2885882
chr19 37358000 72.44% 3246839
chr20 33585930 73.63% 2914095
chr21 34490260 67.29% 2930744
chr22 39916180 77.81% 3579924
chrUn_NW_026528016v1 1270 119
chrUn_NW_026528017v1 10690 945
chrUn_NW_026528021v1 7025 631
chrUn_NW_026528026v1 13390 1142
chrUn_NW_026528029v1 5287 469
chrUn_NW_026528038v1 12460 1017
chrUn_NW_026528039v1 21060 1716
chrUn_NW_026528065v1 2540 234
chrUn_NW_026528075v1 6000 514
chrUn_NW_026528103v1 1930 167
chrUn_NW_026528123v1 240 24
chrUn_NW_026528125v1 3210 275
chrUn_NW_026528140v1 12780 1055
chrUn_NW_026528210v1 5480 454
chrUn_NW_026528215v1 7630 647
chrUn_NW_026528217v1 80 8
chrUn_NW_026528218v1 280 24
chrUn_NW_026528219v1 510 44
chrUn_NW_026528220v1 110 11
chrUn_NW_026528221v1 170 15
chrUn_NW_026528222v1 190 18
chrUn_NW_026528224v1 350 29
chrUn_NW_026528225v1 2530 218
chrUn_NW_026528226v1 1080 98
chrUn_NW_026528228v1 6510 557
chrUn_NW_026528230v1 7400 604
chrUn_NW_026528232v1 25640 2258
chrUn_NW_026528259v1 370 34
chrUn_NW_026528278v1 9480 809
chrUn_NW_026528285v1 1760 156
chrUn_NW_026528292v1 840 75
chrUn_NW_026528295v1 7600 646
chrUn_NW_026528296v1 64710 5977
chrUn_NW_026528310v1 5050 435
chrUn_NW_026528320v1 1230 114
chrUn_NW_026528327v1 620 59
chrUn_NW_026528332v1 990 95
chrUn_NW_026528335v1 660 65
chrUn_NW_026528338v1 1630 148
chrUn_NW_026528339v1 1660 148
chrUn_NW_026528345v1 500 42
chrUn_NW_026528347v1 490 47
chrUn_NW_026528350v1 1090 90
chrUn_NW_026528353v1 1420 132
chrUn_NW_026528356v1 1110 91
chrUn_NW_026528358v1 200 19
chrUn_NW_026528360v1 100 10
chrUn_NW_026528363v1 7270 598
chrUn_NW_026528370v1 3510 299
chrUn_NW_026528371v1 16440 1405
chrUn_NW_026528372v1 6420 536
chrUn_NW_026528373v1 19150 1567
chrUn_NW_026528378v1 310 25
chrUn_NW_026528380v1 250 23
chrUn_NW_026528381v1 90 9
chrUn_NW_026528382v1 170 16
chrUn_NW_026528384v1 1000 89
chrUn_NW_026528385v1 1580 143
chrUn_NW_026528390v1 1280 116
chrUn_NW_026528393v1 520 48
chrUn_NW_026528396v1 100 8
chrUn_NW_026528397v1 760 70
chrUn_NW_026528402v1 240 23
chrUn_NW_026528403v1 320 28
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 220 20
chrUn_NW_026528409v1 490 47
chrUn_NW_026528412v1 430 40
chrUn_NW_026528413v1 240 22
chrUn_NW_026528416v1 280 27
chrUn_NW_026528419v1 60 6
chrUn_NW_026528420v1 130 13
chrUn_NW_026528423v1 2300 207
chrUn_NW_026528431v1 8350 700
chrUn_NW_026528432v1 12960 1092
chrUn_NW_026528433v1 31140 2833
chrUn_NW_026528440v1 310 27
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 15020 1320
chrUn_NW_026528558v1 58880 5066
chrUn_NW_026528559v1 2220 188
chrUn_NW_026528561v1 5280 441
chrUn_NW_026528588v1 580 56
chrUn_NW_026528589v1 950 86
chrUn_NW_026528590v1 54150 4535
chrUn_NW_026528596v1 85940 7142
chrUn_NW_026528609v1 840 76
chrUn_NW_026528611v1 390 35
chrUn_NW_026528615v1 690 60
chrUn_NW_026528621v1 7030 577
chrUn_NW_026528631v1 4370 377
chrUn_NW_026528634v1 9280 766
chrUn_NW_026528635v1 380 36
chrUn_NW_026528644v1 430 35
chrUn_NW_026528650v1 960 86
chrUn_NW_026528656v1 160 16
chrUn_NW_026528660v1 80 8
chrUn_NW_026528661v1 860 81
chrUn_NW_026528668v1 920 82
chrUn_NW_026528670v1 140 13
chrUn_NW_026528677v1 730 71
chrUn_NW_026528708v1 340 32
chrUn_NW_026528719v1 18760 1622
chrUn_NW_026528737v1 1160 104
chrUn_NW_026528739v1 490 48
chrUn_NW_026528741v1 60 6
chrUn_NW_026528745v1 720 63
chrUn_NW_026528748v1 260 25
chrUn_NW_026528749v1 90 8
chrUn_NW_026528750v1 640 58
chrUn_NW_026528751v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 220 21
chrUn_NW_026528754v1 590 54
chrUn_NW_026528755v1 5750 494
chrUn_NW_026528772v1 630 56
chrUn_NW_026528775v1 450 37
chrUn_NW_026528777v1 230 22
chrUn_NW_026528784v1 520 47
chrUn_NW_026528785v1 300 26
chrUn_NW_026528786v1 860 76
chrUn_NW_026528788v1 420 36
chrUn_NW_026528791v1 70 7
chrUn_NW_026528792v1 130 12
chrUn_NW_026528793v1 4590 369
chrUn_NW_026528795v1 2930 255
chrUn_NW_026528796v1 9120 755
chrUn_NW_026528797v1 75430 6285
chrUn_NW_026528798v1 16320 1420
chrUn_NW_026528799v1 7460 645
chrUn_NW_026528880v1 650 56
chrUn_NW_026528882v1 360 35
chrUn_NW_026528883v1 30 3
chrUn_NW_026528884v1 650 57
chrUn_NW_026528885v1 130 12
chrUn_NW_026528887v1 2320 188
chrUn_NW_026528888v1 690 64
chrUn_NW_026528889v1 880 83
chrUn_NW_026528891v1 1970 173
chrUn_NW_026528893v1 320 29
chrUn_NW_026528894v1 16250 1288
chrUn_NW_026528896v1 180 17
chrUn_NW_026528899v1 530 47
chrUn_NW_026528900v1 3680 307
chrUn_NW_026528902v1 5960 514
chrUn_NW_026528903v1 19040 1593
chrUn_NW_026528917v1 6160 487
chrUn_NW_026528926v1 2930 239
chrUn_NW_026528928v1 33550 2881
chrUn_NW_026528937v1 3440 302
chrUn_NW_026528938v1 570 55
chrUn_NW_026528950v1 860 75
chrUn_NW_026528952v1 670 62
chrUn_NW_026528957v1 31200 2627
chrUn_NW_026528960v1 7370 626
chrUn_NW_026528975v1 5530 473
chrUn_NW_026528984v1 2410 200
chrUn_NW_026528985v1 260 24
chrUn_NW_026528986v1 120 11
chrUn_NW_026528987v1 390 32
chrUn_NW_026528988v1 4400 366
chrUn_NW_026528989v1 610 55
chrUn_NW_026528990v1 100 9
chrUn_NW_026528992v1 370 35
chrUn_NW_026528994v1 180 15
chrUn_NW_026528995v1 60 6
chrUn_NW_026528996v1 1750 152
chrUn_NW_026529007v1 7720 660
chrUn_NW_026529008v1 53030 4547
chrUn_NW_026529013v1 2350 206
chrUn_NW_026529015v1 4930 429
chrUn_NW_026529016v1 29760 2541
chrUn_NW_026529060v1 18485 1676
chrUn_NW_026529081v1 11810 969
chrUn_NW_026529085v1 20110 1720
chrX 82028197 55.36% 6765215
chrX_NW_026527892v1_random 10590 857
chrX_NW_026527894v1_random 13608 1129
chrX_NW_026527897v1_random 6390 513
chrY 841080 10.22% 70398
chrY_NW_026527906v1_random 320 31
chrY_NW_026527909v1_random 1270 114
chrY_NW_026527911v1_random 4110 355
chrY_NW_026527913v1_random 4709 407
chrY_NW_026527914v1_random 13670 1074
chrY_NW_026527915v1_random 420 40
chrY_NW_026527916v1_random 2040 178
chrY_NW_026527918v1_random 1060 98
chrY_NW_026527919v1_random 2710 239
chrY_NW_026527927v1_random 900 85
chrY_NW_026527928v1_random 100 9
chrY_NW_026527932v1_random 1590 141
chrY_NW_026527938v1_random 18560 1576
chrY_NW_026527939v1_random 1190 114
chrY_NW_026527942v1_random 10350 897
chrY_NW_026527945v1_random 450 44
chrY_NW_026527948v1_random 1160 109
chrY_NW_026527949v1_random 30800 2525
chrY_NW_026527950v1_random 24210 2000
chrY_NW_026527951v1_random 7280 648
chrY_NW_026527955v1_random 6110 508
chrY_NW_026527956v1_random 3080 279
chrY_NW_026527958v1_random 3460 305
chrY_NW_026527960v1_random 3470 294
chrY_NW_026527961v1_random 9570 814
chrY_NW_026527966v1_random 75650 6553
chrY_NW_026527967v1_random 8710 781
chrY_NW_026527968v1_random 55910 4769
chrY_NW_026527969v1_random 1070 85
chrY_NW_026527974v1_random 1330 119
chrY_NW_026527980v1_random 3190 276

Segment lengths

segments min max mean median
segments 169900907 5 150 11.65 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRv_D1_MSN.bw 947.65 MB e4146606f3ebdb8621afa76dbcd2c592
genomic_resource.yaml 1.11 KB 65e36b5f235188bb1415b1077ea9bb32
statistics/