Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRv_D1_NUDAP_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRv_D1_NUDAP_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRv_D1_NUDAP_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_NUDAP_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_NUDAP_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D1_NUDAP_MSN [0.00177, 2.41]
n
1,597,336,171
mean
0.00626
sd
0.0162

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1597336171 132825226
chr1 123525910 56.67% 10278912
chr2 113532850 55.52% 9396837
chr3 97157560 50.63% 7975466
chr4 94333510 54.20% 7784535
chr5 105867810 64.42% 8939115
chr6 90306419 56.09% 7479370
chr7 96646440 61.34% 8084748
chr8 70556360 55.62% 5831488
chr9 77118060 57.53% 6424928
chr10 81785910 59.41% 6840902
chr11 77016300 59.39% 6436909
chr12 74609380 59.93% 6240042
chr13 67698110 56.92% 5601386
chr14 63198220 56.38% 5239820
chr15 61176200 61.67% 5120030
chr16 54292640 55.50% 4485244
chr17 41226150 55.01% 3396841
chr18 27927700 59.38% 2343797
chr19 30754400 59.64% 2572542
chr20 27469920 60.22% 2293797
chr21 27367660 53.39% 2260556
chr22 34047720 66.37% 2928918
chrUn_NW_026528016v1 950 86
chrUn_NW_026528017v1 8960 801
chrUn_NW_026528021v1 6085 516
chrUn_NW_026528026v1 9800 838
chrUn_NW_026528029v1 4527 387
chrUn_NW_026528038v1 8580 690
chrUn_NW_026528039v1 16150 1330
chrUn_NW_026528065v1 2150 173
chrUn_NW_026528075v1 5010 426
chrUn_NW_026528103v1 1180 107
chrUn_NW_026528123v1 180 16
chrUn_NW_026528125v1 2440 217
chrUn_NW_026528140v1 9550 788
chrUn_NW_026528210v1 2690 238
chrUn_NW_026528215v1 5200 443
chrUn_NW_026528217v1 60 6
chrUn_NW_026528218v1 170 15
chrUn_NW_026528219v1 400 38
chrUn_NW_026528220v1 70 7
chrUn_NW_026528221v1 100 10
chrUn_NW_026528222v1 70 7
chrUn_NW_026528224v1 230 17
chrUn_NW_026528225v1 1720 151
chrUn_NW_026528226v1 1160 102
chrUn_NW_026528228v1 4670 416
chrUn_NW_026528230v1 4730 401
chrUn_NW_026528232v1 18130 1519
chrUn_NW_026528259v1 250 23
chrUn_NW_026528278v1 7360 629
chrUn_NW_026528285v1 970 84
chrUn_NW_026528292v1 210 20
chrUn_NW_026528295v1 6350 541
chrUn_NW_026528296v1 54010 4591
chrUn_NW_026528310v1 3280 295
chrUn_NW_026528320v1 820 76
chrUn_NW_026528327v1 430 42
chrUn_NW_026528332v1 570 55
chrUn_NW_026528335v1 760 69
chrUn_NW_026528338v1 1010 90
chrUn_NW_026528339v1 900 82
chrUn_NW_026528345v1 480 40
chrUn_NW_026528347v1 350 31
chrUn_NW_026528350v1 740 67
chrUn_NW_026528353v1 1070 98
chrUn_NW_026528356v1 610 52
chrUn_NW_026528358v1 120 12
chrUn_NW_026528360v1 60 6
chrUn_NW_026528363v1 5978 488
chrUn_NW_026528370v1 1980 161
chrUn_NW_026528371v1 10760 880
chrUn_NW_026528372v1 5810 477
chrUn_NW_026528373v1 15500 1269
chrUn_NW_026528378v1 180 17
chrUn_NW_026528380v1 260 23
chrUn_NW_026528381v1 40 4
chrUn_NW_026528382v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 610 59
chrUn_NW_026528385v1 1040 92
chrUn_NW_026528390v1 920 86
chrUn_NW_026528393v1 370 34
chrUn_NW_026528396v1 110 11
chrUn_NW_026528397v1 420 41
chrUn_NW_026528402v1 120 11
chrUn_NW_026528403v1 120 11
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 230 23
chrUn_NW_026528409v1 270 27
chrUn_NW_026528412v1 290 26
chrUn_NW_026528413v1 80 8
chrUn_NW_026528416v1 130 13
chrUn_NW_026528419v1 100 8
chrUn_NW_026528420v1 80 8
chrUn_NW_026528423v1 1460 130
chrUn_NW_026528431v1 6430 544
chrUn_NW_026528432v1 10030 834
chrUn_NW_026528433v1 29600 2584
chrUn_NW_026528440v1 210 18
chrUn_NW_026528471v1 80 8
chrUn_NW_026528480v1 10620 899
chrUn_NW_026528558v1 49170 4293
chrUn_NW_026528559v1 1750 157
chrUn_NW_026528561v1 3280 273
chrUn_NW_026528588v1 420 41
chrUn_NW_026528589v1 400 40
chrUn_NW_026528590v1 37070 3175
chrUn_NW_026528596v1 51910 4377
chrUn_NW_026528609v1 640 54
chrUn_NW_026528611v1 270 27
chrUn_NW_026528615v1 410 36
chrUn_NW_026528621v1 4180 352
chrUn_NW_026528631v1 3310 277
chrUn_NW_026528634v1 4680 399
chrUn_NW_026528635v1 200 18
chrUn_NW_026528644v1 160 16
chrUn_NW_026528650v1 830 78
chrUn_NW_026528656v1 140 13
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 390 38
chrUn_NW_026528668v1 590 56
chrUn_NW_026528670v1 80 8
chrUn_NW_026528677v1 520 44
chrUn_NW_026528708v1 250 24
chrUn_NW_026528719v1 15750 1371
chrUn_NW_026528737v1 750 68
chrUn_NW_026528739v1 420 40
chrUn_NW_026528741v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 350 34
chrUn_NW_026528748v1 120 12
chrUn_NW_026528750v1 550 48
chrUn_NW_026528751v1 50 4
chrUn_NW_026528752v1 210 19
chrUn_NW_026528754v1 260 23
chrUn_NW_026528755v1 3280 303
chrUn_NW_026528772v1 440 38
chrUn_NW_026528775v1 250 23
chrUn_NW_026528777v1 130 12
chrUn_NW_026528784v1 450 42
chrUn_NW_026528785v1 130 13
chrUn_NW_026528786v1 630 58
chrUn_NW_026528788v1 260 25
chrUn_NW_026528791v1 60 4
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 2840 241
chrUn_NW_026528795v1 2050 177
chrUn_NW_026528796v1 5770 502
chrUn_NW_026528797v1 55320 4541
chrUn_NW_026528798v1 9890 823
chrUn_NW_026528799v1 3570 312
chrUn_NW_026528880v1 400 37
chrUn_NW_026528882v1 290 26
chrUn_NW_026528883v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 250 25
chrUn_NW_026528885v1 80 8
chrUn_NW_026528887v1 1590 131
chrUn_NW_026528888v1 520 46
chrUn_NW_026528889v1 320 30
chrUn_NW_026528891v1 1080 97
chrUn_NW_026528893v1 160 16
chrUn_NW_026528894v1 9280 773
chrUn_NW_026528896v1 60 6
chrUn_NW_026528899v1 310 26
chrUn_NW_026528900v1 2630 225
chrUn_NW_026528902v1 3570 319
chrUn_NW_026528903v1 12440 1026
chrUn_NW_026528917v1 5020 426
chrUn_NW_026528926v1 2450 201
chrUn_NW_026528928v1 27030 2349
chrUn_NW_026528937v1 2360 221
chrUn_NW_026528938v1 440 42
chrUn_NW_026528950v1 800 67
chrUn_NW_026528952v1 560 51
chrUn_NW_026528957v1 24900 2088
chrUn_NW_026528960v1 6051 512
chrUn_NW_026528975v1 4080 355
chrUn_NW_026528984v1 1370 119
chrUn_NW_026528985v1 130 13
chrUn_NW_026528986v1 150 13
chrUn_NW_026528987v1 280 25
chrUn_NW_026528988v1 4810 400
chrUn_NW_026528989v1 520 46
chrUn_NW_026528990v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 200 20
chrUn_NW_026528994v1 170 16
chrUn_NW_026528996v1 1020 93
chrUn_NW_026529007v1 5250 440
chrUn_NW_026529008v1 42540 3600
chrUn_NW_026529013v1 2120 180
chrUn_NW_026529015v1 3950 343
chrUn_NW_026529016v1 23700 2014
chrUn_NW_026529060v1 15255 1301
chrUn_NW_026529081v1 7270 621
chrUn_NW_026529085v1 12910 1112
chrX 58029610 39.16% 4725661
chrX_NW_026527892v1_random 8030 624
chrX_NW_026527894v1_random 10750 882
chrX_NW_026527897v1_random 4680 376
chrY 667000 8.11% 55988
chrY_NW_026527906v1_random 300 29
chrY_NW_026527909v1_random 840 76
chrY_NW_026527911v1_random 3190 277
chrY_NW_026527913v1_random 5309 456
chrY_NW_026527914v1_random 7740 627
chrY_NW_026527915v1_random 280 26
chrY_NW_026527916v1_random 1240 114
chrY_NW_026527918v1_random 720 67
chrY_NW_026527919v1_random 1920 168
chrY_NW_026527927v1_random 500 44
chrY_NW_026527928v1_random 80 8
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 910 87
chrY_NW_026527938v1_random 15310 1309
chrY_NW_026527939v1_random 990 91
chrY_NW_026527942v1_random 7380 670
chrY_NW_026527945v1_random 250 25
chrY_NW_026527948v1_random 1110 105
chrY_NW_026527949v1_random 18362 1477
chrY_NW_026527950v1_random 16620 1362
chrY_NW_026527951v1_random 4640 421
chrY_NW_026527955v1_random 4080 366
chrY_NW_026527956v1_random 2695 243
chrY_NW_026527958v1_random 3190 296
chrY_NW_026527960v1_random 2170 192
chrY_NW_026527961v1_random 6230 530
chrY_NW_026527966v1_random 56650 4965
chrY_NW_026527967v1_random 5670 513
chrY_NW_026527968v1_random 36640 3160
chrY_NW_026527969v1_random 820 71
chrY_NW_026527974v1_random 1060 99
chrY_NW_026527980v1_random 2080 182

Segment lengths

segments min max mean median
segments 132825226 1 140 12.03 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRv_D1_NUDAP_MSN.bw 778.56 MB d0675fd1409e01407979bbf59ae54a56
genomic_resource.yaml 1.13 KB 9a1870a07802d693d5f5dbfc7114707f
statistics/