Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STRv_D2_MSN/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STRv_D2_MSN cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STRv_D2_MSN
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D2_MSN float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D2_MSN
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STRv_D2_MSN [0.00107, 1.95]
n
1,933,416,808
mean
0.00517
sd
0.0139

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1933416808 165314091
chr1 148741080 68.24% 12707295
chr2 138581490 67.77% 11783874
chr3 122309170 63.73% 10281802
chr4 116308500 66.83% 9875009
chr5 122452110 74.51% 10682992
chr6 108990649 67.69% 9268269
chr7 114558790 72.71% 9895349
chr8 85902800 67.72% 7297058
chr9 93006760 69.38% 7975738
chr10 97763735 71.01% 8433356
chr11 92147650 71.05% 7939364
chr12 89270200 71.71% 7712825
chr13 81810617 68.79% 6968834
chr14 76661560 68.39% 6541611
chr15 71284690 71.86% 6145109
chr16 66243470 67.72% 5610965
chr17 50620510 67.55% 4293354
chr18 32710946 69.55% 2820986
chr19 36620980 71.01% 3167148
chr20 32833200 71.98% 2835154
chr21 33704132 65.75% 2854365
chr22 39428440 76.86% 3518717
chrUn_NW_026528016v1 1280 115
chrUn_NW_026528017v1 13640 1180
chrUn_NW_026528021v1 6925 632
chrUn_NW_026528026v1 14510 1224
chrUn_NW_026528029v1 5157 471
chrUn_NW_026528038v1 12000 985
chrUn_NW_026528039v1 20340 1690
chrUn_NW_026528065v1 2500 218
chrUn_NW_026528075v1 6020 517
chrUn_NW_026528103v1 1960 174
chrUn_NW_026528123v1 230 21
chrUn_NW_026528125v1 2950 255
chrUn_NW_026528140v1 12780 1043
chrUn_NW_026528210v1 4650 403
chrUn_NW_026528215v1 7080 600
chrUn_NW_026528217v1 120 12
chrUn_NW_026528218v1 260 25
chrUn_NW_026528219v1 540 44
chrUn_NW_026528220v1 120 12
chrUn_NW_026528221v1 120 12
chrUn_NW_026528222v1 100 10
chrUn_NW_026528224v1 150 15
chrUn_NW_026528225v1 2310 204
chrUn_NW_026528226v1 1030 90
chrUn_NW_026528228v1 7150 616
chrUn_NW_026528230v1 7000 577
chrUn_NW_026528232v1 24270 2103
chrUn_NW_026528259v1 290 26
chrUn_NW_026528278v1 9790 819
chrUn_NW_026528285v1 1440 121
chrUn_NW_026528292v1 700 63
chrUn_NW_026528295v1 8130 685
chrUn_NW_026528296v1 63123 5682
chrUn_NW_026528310v1 4810 425
chrUn_NW_026528320v1 1670 151
chrUn_NW_026528327v1 1110 103
chrUn_NW_026528332v1 1150 107
chrUn_NW_026528335v1 990 91
chrUn_NW_026528338v1 1790 161
chrUn_NW_026528339v1 1920 168
chrUn_NW_026528345v1 550 52
chrUn_NW_026528347v1 430 38
chrUn_NW_026528350v1 1020 91
chrUn_NW_026528353v1 1770 162
chrUn_NW_026528356v1 1100 91
chrUn_NW_026528358v1 200 18
chrUn_NW_026528360v1 160 15
chrUn_NW_026528363v1 8420 659
chrUn_NW_026528370v1 3640 303
chrUn_NW_026528371v1 15610 1320
chrUn_NW_026528372v1 6380 534
chrUn_NW_026528373v1 18660 1551
chrUn_NW_026528378v1 330 33
chrUn_NW_026528380v1 320 31
chrUn_NW_026528381v1 140 14
chrUn_NW_026528382v1 140 12
chrUn_NW_026528384v1 850 80
chrUn_NW_026528385v1 1860 165
chrUn_NW_026528390v1 1220 114
chrUn_NW_026528393v1 610 55
chrUn_NW_026528396v1 160 15
chrUn_NW_026528397v1 760 71
chrUn_NW_026528402v1 140 13
chrUn_NW_026528403v1 320 27
chrUn_NW_026528404v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 200 20
chrUn_NW_026528409v1 590 48
chrUn_NW_026528412v1 550 53
chrUn_NW_026528413v1 300 26
chrUn_NW_026528416v1 320 30
chrUn_NW_026528419v1 60 6
chrUn_NW_026528420v1 120 12
chrUn_NW_026528423v1 2410 211
chrUn_NW_026528431v1 8130 682
chrUn_NW_026528432v1 12560 1040
chrUn_NW_026528433v1 31000 2752
chrUn_NW_026528440v1 190 18
chrUn_NW_026528471v1 80 8
chrUn_NW_026528480v1 15380 1322
chrUn_NW_026528558v1 61260 5316
chrUn_NW_026528559v1 2090 176
chrUn_NW_026528561v1 5260 438
chrUn_NW_026528588v1 720 66
chrUn_NW_026528589v1 1170 102
chrUn_NW_026528590v1 57070 4748
chrUn_NW_026528596v1 85860 7110
chrUn_NW_026528609v1 970 83
chrUn_NW_026528611v1 500 50
chrUn_NW_026528615v1 940 83
chrUn_NW_026528621v1 6970 578
chrUn_NW_026528631v1 3910 323
chrUn_NW_026528634v1 7390 607
chrUn_NW_026528635v1 280 26
chrUn_NW_026528644v1 280 25
chrUn_NW_026528650v1 1010 90
chrUn_NW_026528656v1 130 13
chrUn_NW_026528660v1 120 11
chrUn_NW_026528661v1 670 62
chrUn_NW_026528668v1 700 66
chrUn_NW_026528670v1 140 12
chrUn_NW_026528677v1 700 63
chrUn_NW_026528708v1 440 41
chrUn_NW_026528719v1 19330 1672
chrUn_NW_026528737v1 1310 119
chrUn_NW_026528739v1 510 51
chrUn_NW_026528740v1 40 4
chrUn_NW_026528741v1 80 7
chrUn_NW_026528745v1 600 56
chrUn_NW_026528748v1 170 15
chrUn_NW_026528749v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 860 80
chrUn_NW_026528751v1 40 4
chrUn_NW_026528752v1 320 28
chrUn_NW_026528754v1 550 52
chrUn_NW_026528755v1 5510 478
chrUn_NW_026528772v1 520 47
chrUn_NW_026528775v1 530 48
chrUn_NW_026528777v1 240 21
chrUn_NW_026528784v1 360 33
chrUn_NW_026528785v1 380 32
chrUn_NW_026528786v1 820 72
chrUn_NW_026528788v1 430 43
chrUn_NW_026528791v1 100 7
chrUn_NW_026528792v1 90 9
chrUn_NW_026528793v1 4350 372
chrUn_NW_026528795v1 2870 263
chrUn_NW_026528796v1 8080 683
chrUn_NW_026528797v1 73620 6136
chrUn_NW_026528798v1 15300 1300
chrUn_NW_026528799v1 7380 641
chrUn_NW_026528880v1 670 58
chrUn_NW_026528882v1 330 30
chrUn_NW_026528883v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 440 40
chrUn_NW_026528885v1 240 24
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 2170 182
chrUn_NW_026528888v1 590 52
chrUn_NW_026528889v1 680 63
chrUn_NW_026528891v1 1670 138
chrUn_NW_026528893v1 510 46
chrUn_NW_026528894v1 13730 1114
chrUn_NW_026528896v1 160 13
chrUn_NW_026528899v1 620 54
chrUn_NW_026528900v1 3970 331
chrUn_NW_026528902v1 5660 496
chrUn_NW_026528903v1 19036 1517
chrUn_NW_026528917v1 5900 469
chrUn_NW_026528926v1 3290 265
chrUn_NW_026528928v1 34630 2951
chrUn_NW_026528937v1 2890 253
chrUn_NW_026528938v1 630 61
chrUn_NW_026528950v1 1040 92
chrUn_NW_026528952v1 580 56
chrUn_NW_026528957v1 32040 2717
chrUn_NW_026528960v1 6881 566
chrUn_NW_026528975v1 6180 504
chrUn_NW_026528984v1 1630 149
chrUn_NW_026528985v1 170 17
chrUn_NW_026528986v1 250 25
chrUn_NW_026528987v1 290 27
chrUn_NW_026528988v1 4130 348
chrUn_NW_026528989v1 570 52
chrUn_NW_026528990v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 470 45
chrUn_NW_026528994v1 140 11
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 1230 115
chrUn_NW_026529007v1 7630 656
chrUn_NW_026529008v1 50100 4225
chrUn_NW_026529013v1 2650 224
chrUn_NW_026529015v1 5280 434
chrUn_NW_026529016v1 29430 2538
chrUn_NW_026529060v1 18145 1665
chrUn_NW_026529081v1 11250 965
chrUn_NW_026529085v1 19190 1609
chrX 79162550 53.43% 6510373
chrX_NW_026527892v1_random 11100 898
chrX_NW_026527894v1_random 13128 1098
chrX_NW_026527897v1_random 6141 485
chrY 902000 10.96% 75299
chrY_NW_026527906v1_random 390 34
chrY_NW_026527909v1_random 1410 130
chrY_NW_026527911v1_random 3860 327
chrY_NW_026527913v1_random 6070 520
chrY_NW_026527914v1_random 12983 1011
chrY_NW_026527915v1_random 460 45
chrY_NW_026527916v1_random 2030 174
chrY_NW_026527918v1_random 1280 117
chrY_NW_026527919v1_random 2000 177
chrY_NW_026527927v1_random 820 71
chrY_NW_026527928v1_random 110 11
chrY_NW_026527932v1_random 1820 167
chrY_NW_026527938v1_random 19620 1639
chrY_NW_026527939v1_random 1280 119
chrY_NW_026527942v1_random 12170 1040
chrY_NW_026527945v1_random 420 40
chrY_NW_026527948v1_random 1430 134
chrY_NW_026527949v1_random 29100 2419
chrY_NW_026527950v1_random 21670 1761
chrY_NW_026527951v1_random 8630 770
chrY_NW_026527955v1_random 6380 556
chrY_NW_026527956v1_random 3110 288
chrY_NW_026527958v1_random 3510 308
chrY_NW_026527960v1_random 3110 272
chrY_NW_026527961v1_random 9560 794
chrY_NW_026527966v1_random 77300 6729
chrY_NW_026527967v1_random 8440 737
chrY_NW_026527968v1_random 56110 4703
chrY_NW_026527969v1_random 1030 92
chrY_NW_026527974v1_random 1760 159
chrY_NW_026527980v1_random 3460 295

Segment lengths

segments min max mean median
segments 165314091 1 150 11.7 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STRv_D2_MSN.bw 922.22 MB 6eb7139346a23015fbcf7fad600165bf
genomic_resource.yaml 1.11 KB 4c9ab8f7e91777382bf4949cc40993c1
statistics/