Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/VIP_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for VIP_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: VIP_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VIP_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VIP_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VIP_GABA [0.0016, 2.43]
n
1,702,327,230
mean
0.00587
sd
0.0142

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1702327230 142716218
chr1 132440100 60.76% 11134738
chr2 121920381 59.62% 10189587
chr3 104305640 54.35% 8623770
chr4 101372810 58.25% 8440863
chr5 112590800 68.51% 9604016
chr6 97308190 60.44% 8133861
chr7 102012310 64.75% 8603537
chr8 75261330 59.33% 6268059
chr9 82508180 61.55% 6936192
chr10 85122060 61.83% 7150601
chr11 81604050 62.92% 6881008
chr12 79799110 64.10% 6740456
chr13 72088930 60.61% 6023435
chr14 67182720 59.94% 5612348
chr15 63695310 64.21% 5367309
chr16 57828080 59.12% 4809950
chr17 44695050 59.64% 3718462
chr18 28515360 60.63% 2397349
chr19 33272930 64.52% 2812512
chr20 30069880 65.92% 2545294
chr21 29222570 57.01% 2432823
chr22 35454890 69.11% 3071504
chrUn_NW_026528016v1 1020 90
chrUn_NW_026528017v1 9880 864
chrUn_NW_026528021v1 6725 585
chrUn_NW_026528026v1 13630 1167
chrUn_NW_026528029v1 4767 408
chrUn_NW_026528038v1 9310 759
chrUn_NW_026528039v1 15030 1252
chrUn_NW_026528065v1 2380 203
chrUn_NW_026528075v1 6760 577
chrUn_NW_026528103v1 1950 170
chrUn_NW_026528123v1 160 13
chrUn_NW_026528125v1 3150 270
chrUn_NW_026528140v1 10860 880
chrUn_NW_026528210v1 2550 226
chrUn_NW_026528215v1 6550 560
chrUn_NW_026528217v1 50 5
chrUn_NW_026528218v1 130 12
chrUn_NW_026528219v1 430 34
chrUn_NW_026528220v1 60 6
chrUn_NW_026528221v1 100 9
chrUn_NW_026528222v1 60 6
chrUn_NW_026528224v1 200 15
chrUn_NW_026528225v1 1850 167
chrUn_NW_026528226v1 1390 120
chrUn_NW_026528228v1 5380 469
chrUn_NW_026528230v1 5020 416
chrUn_NW_026528232v1 15330 1222
chrUn_NW_026528259v1 130 11
chrUn_NW_026528278v1 7910 672
chrUn_NW_026528285v1 870 70
chrUn_NW_026528292v1 430 37
chrUn_NW_026528295v1 7850 679
chrUn_NW_026528296v1 61513 5478
chrUn_NW_026528310v1 4120 351
chrUn_NW_026528320v1 1270 117
chrUn_NW_026528327v1 670 60
chrUn_NW_026528332v1 790 73
chrUn_NW_026528335v1 590 54
chrUn_NW_026528338v1 1180 108
chrUn_NW_026528339v1 1340 120
chrUn_NW_026528345v1 330 32
chrUn_NW_026528347v1 420 38
chrUn_NW_026528350v1 740 66
chrUn_NW_026528353v1 1210 111
chrUn_NW_026528356v1 750 67
chrUn_NW_026528358v1 110 11
chrUn_NW_026528360v1 140 11
chrUn_NW_026528363v1 6760 537
chrUn_NW_026528370v1 2510 213
chrUn_NW_026528371v1 12640 1033
chrUn_NW_026528372v1 5370 447
chrUn_NW_026528373v1 17850 1475
chrUn_NW_026528378v1 240 24
chrUn_NW_026528380v1 300 29
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 60 6
chrUn_NW_026528384v1 560 54
chrUn_NW_026528385v1 1090 94
chrUn_NW_026528390v1 930 87
chrUn_NW_026528393v1 410 39
chrUn_NW_026528396v1 70 6
chrUn_NW_026528397v1 330 32
chrUn_NW_026528402v1 100 10
chrUn_NW_026528403v1 270 25
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 160 15
chrUn_NW_026528409v1 220 22
chrUn_NW_026528412v1 430 41
chrUn_NW_026528413v1 190 18
chrUn_NW_026528416v1 140 12
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 180 16
chrUn_NW_026528423v1 1750 151
chrUn_NW_026528431v1 6970 562
chrUn_NW_026528432v1 10920 887
chrUn_NW_026528433v1 26980 2293
chrUn_NW_026528440v1 160 15
chrUn_NW_026528471v1 50 5
chrUn_NW_026528480v1 13200 1133
chrUn_NW_026528558v1 65490 5685
chrUn_NW_026528559v1 1820 155
chrUn_NW_026528561v1 3480 296
chrUn_NW_026528588v1 590 57
chrUn_NW_026528589v1 600 56
chrUn_NW_026528590v1 39940 3397
chrUn_NW_026528596v1 64620 5344
chrUn_NW_026528609v1 530 44
chrUn_NW_026528611v1 290 29
chrUn_NW_026528615v1 640 53
chrUn_NW_026528621v1 3920 321
chrUn_NW_026528631v1 2590 221
chrUn_NW_026528634v1 5240 437
chrUn_NW_026528635v1 140 12
chrUn_NW_026528644v1 230 23
chrUn_NW_026528650v1 590 58
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 480 48
chrUn_NW_026528668v1 520 48
chrUn_NW_026528670v1 90 9
chrUn_NW_026528677v1 670 56
chrUn_NW_026528708v1 470 47
chrUn_NW_026528719v1 19540 1680
chrUn_NW_026528737v1 1520 135
chrUn_NW_026528739v1 470 46
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 440 40
chrUn_NW_026528748v1 120 11
chrUn_NW_026528750v1 510 46
chrUn_NW_026528752v1 200 20
chrUn_NW_026528754v1 370 36
chrUn_NW_026528755v1 3790 346
chrUn_NW_026528772v1 560 47
chrUn_NW_026528775v1 250 23
chrUn_NW_026528777v1 60 6
chrUn_NW_026528784v1 340 31
chrUn_NW_026528785v1 210 19
chrUn_NW_026528786v1 640 60
chrUn_NW_026528788v1 260 25
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 100 9
chrUn_NW_026528793v1 3160 272
chrUn_NW_026528795v1 2720 244
chrUn_NW_026528796v1 6660 557
chrUn_NW_026528797v1 60190 4952
chrUn_NW_026528798v1 11260 955
chrUn_NW_026528799v1 4310 367
chrUn_NW_026528880v1 520 43
chrUn_NW_026528882v1 220 18
chrUn_NW_026528883v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 300 30
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 1650 140
chrUn_NW_026528888v1 490 39
chrUn_NW_026528889v1 360 35
chrUn_NW_026528891v1 1100 97
chrUn_NW_026528893v1 310 29
chrUn_NW_026528894v1 10900 886
chrUn_NW_026528896v1 50 5
chrUn_NW_026528899v1 400 33
chrUn_NW_026528900v1 2920 244
chrUn_NW_026528902v1 3350 302
chrUn_NW_026528903v1 15186 1200
chrUn_NW_026528917v1 4190 338
chrUn_NW_026528926v1 2940 255
chrUn_NW_026528928v1 35170 3008
chrUn_NW_026528937v1 3010 273
chrUn_NW_026528938v1 500 47
chrUn_NW_026528950v1 960 80
chrUn_NW_026528952v1 730 63
chrUn_NW_026528957v1 34230 2957
chrUn_NW_026528960v1 3890 325
chrUn_NW_026528975v1 5950 502
chrUn_NW_026528984v1 1310 115
chrUn_NW_026528985v1 160 14
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 260 24
chrUn_NW_026528988v1 3710 318
chrUn_NW_026528989v1 490 47
chrUn_NW_026528990v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 170 17
chrUn_NW_026528994v1 120 11
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 1110 99
chrUn_NW_026529007v1 6050 488
chrUn_NW_026529008v1 51430 4351
chrUn_NW_026529013v1 2390 196
chrUn_NW_026529015v1 5120 432
chrUn_NW_026529016v1 30310 2577
chrUn_NW_026529060v1 16075 1364
chrUn_NW_026529081v1 8170 698
chrUn_NW_026529085v1 14870 1247
chrX 62191260 41.97% 5060741
chrX_NW_026527892v1_random 7320 591
chrX_NW_026527894v1_random 10248 828
chrX_NW_026527897v1_random 3930 325
chrY 711800 8.65% 59798
chrY_NW_026527906v1_random 280 28
chrY_NW_026527909v1_random 990 89
chrY_NW_026527911v1_random 2420 219
chrY_NW_026527913v1_random 5230 435
chrY_NW_026527914v1_random 9740 791
chrY_NW_026527915v1_random 280 26
chrY_NW_026527916v1_random 1250 111
chrY_NW_026527918v1_random 810 75
chrY_NW_026527919v1_random 1570 148
chrY_NW_026527927v1_random 660 64
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 1270 114
chrY_NW_026527938v1_random 18530 1540
chrY_NW_026527939v1_random 1160 100
chrY_NW_026527942v1_random 6820 618
chrY_NW_026527945v1_random 180 18
chrY_NW_026527948v1_random 1460 134
chrY_NW_026527949v1_random 19930 1600
chrY_NW_026527950v1_random 17620 1452
chrY_NW_026527951v1_random 4640 413
chrY_NW_026527955v1_random 4010 341
chrY_NW_026527956v1_random 2485 225
chrY_NW_026527958v1_random 2550 231
chrY_NW_026527960v1_random 2220 199
chrY_NW_026527961v1_random 6870 584
chrY_NW_026527966v1_random 59200 5158
chrY_NW_026527967v1_random 6180 555
chrY_NW_026527968v1_random 39140 3320
chrY_NW_026527969v1_random 1240 105
chrY_NW_026527974v1_random 880 85
chrY_NW_026527980v1_random 2400 225

Segment lengths

segments min max mean median
segments 142716218 1 160 11.93 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
VIP_GABA.bw 823.79 MB f8116ec6b1d3f66c75d62aeaaf77c6a7
genomic_resource.yaml 1.1 KB ce3f4d5571e9a5b20c54d8e369a8767b
statistics/