Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/VLMC/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for VLMC cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: VLMC
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VLMC float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VLMC
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VLMC [0.013, 5.11]
n
566,640,432
mean
0.0176
sd
0.0157

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 566640432 47709313
chr1 43502240 19.96% 3663011
chr2 40181260 19.65% 3394964
chr3 37015450 19.29% 3133792
chr4 35752020 20.54% 3005751
chr5 33615400 20.45% 2820010
chr6 32578260 20.23% 2740699
chr7 32618270 20.70% 2739696
chr8 24447250 19.27% 2069866
chr9 27962050 20.86% 2347802
chr10 27841090 20.22% 2343205
chr11 29096390 22.44% 2424936
chr12 27114590 21.78% 2261610
chr13 24095010 20.26% 2028483
chr14 22017530 19.64% 1857918
chr15 20691610 20.86% 1737199
chr16 20174720 20.62% 1697809
chr17 14581700 19.46% 1234952
chr18 9278740 19.73% 781486
chr19 10204380 19.79% 859329
chr20 10161910 22.28% 844947
chr21 10722300 20.92% 898274
chr22 13116790 25.57% 1077999
chrUn_NW_026528016v1 320 31
chrUn_NW_026528017v1 6020 536
chrUn_NW_026528021v1 2390 199
chrUn_NW_026528026v1 6130 546
chrUn_NW_026528029v1 2120 163
chrUn_NW_026528038v1 3060 273
chrUn_NW_026528039v1 2990 277
chrUn_NW_026528065v1 670 56
chrUn_NW_026528075v1 3060 256
chrUn_NW_026528103v1 700 67
chrUn_NW_026528123v1 110 10
chrUn_NW_026528125v1 1090 101
chrUn_NW_026528140v1 3450 300
chrUn_NW_026528210v1 1230 118
chrUn_NW_026528215v1 3540 312
chrUn_NW_026528218v1 40 4
chrUn_NW_026528219v1 150 15
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 190 15
chrUn_NW_026528225v1 740 63
chrUn_NW_026528226v1 610 49
chrUn_NW_026528228v1 1520 142
chrUn_NW_026528230v1 2540 231
chrUn_NW_026528232v1 4720 425
chrUn_NW_026528259v1 100 10
chrUn_NW_026528278v1 1950 168
chrUn_NW_026528285v1 200 17
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 4360 381
chrUn_NW_026528296v1 21210 1746
chrUn_NW_026528310v1 1870 172
chrUn_NW_026528320v1 770 69
chrUn_NW_026528327v1 440 42
chrUn_NW_026528332v1 240 23
chrUn_NW_026528335v1 330 32
chrUn_NW_026528338v1 580 57
chrUn_NW_026528339v1 800 75
chrUn_NW_026528345v1 200 19
chrUn_NW_026528347v1 190 18
chrUn_NW_026528350v1 410 37
chrUn_NW_026528353v1 520 51
chrUn_NW_026528356v1 470 42
chrUn_NW_026528358v1 80 8
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 2600 219
chrUn_NW_026528370v1 520 51
chrUn_NW_026528371v1 2380 207
chrUn_NW_026528372v1 1180 101
chrUn_NW_026528373v1 3460 302
chrUn_NW_026528378v1 70 7
chrUn_NW_026528380v1 60 6
chrUn_NW_026528382v1 90 9
chrUn_NW_026528384v1 360 30
chrUn_NW_026528385v1 560 50
chrUn_NW_026528390v1 560 53
chrUn_NW_026528393v1 220 21
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 250 25
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 100 8
chrUn_NW_026528409v1 160 16
chrUn_NW_026528412v1 120 11
chrUn_NW_026528413v1 70 7
chrUn_NW_026528416v1 120 12
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 800 77
chrUn_NW_026528431v1 1760 163
chrUn_NW_026528432v1 6900 554
chrUn_NW_026528433v1 7560 635
chrUn_NW_026528440v1 120 10
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 7860 694
chrUn_NW_026528558v1 30780 2712
chrUn_NW_026528559v1 1410 123
chrUn_NW_026528561v1 1640 153
chrUn_NW_026528588v1 430 39
chrUn_NW_026528589v1 300 29
chrUn_NW_026528590v1 23900 2136
chrUn_NW_026528596v1 36950 3214
chrUn_NW_026528609v1 360 31
chrUn_NW_026528611v1 170 17
chrUn_NW_026528615v1 440 43
chrUn_NW_026528621v1 460 46
chrUn_NW_026528631v1 300 26
chrUn_NW_026528634v1 3300 288
chrUn_NW_026528635v1 40 4
chrUn_NW_026528644v1 100 10
chrUn_NW_026528650v1 330 33
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 190 18
chrUn_NW_026528668v1 220 22
chrUn_NW_026528670v1 40 3
chrUn_NW_026528677v1 220 21
chrUn_NW_026528708v1 150 14
chrUn_NW_026528719v1 5480 497
chrUn_NW_026528737v1 310 27
chrUn_NW_026528739v1 520 50
chrUn_NW_026528741v1 50 5
chrUn_NW_026528745v1 310 31
chrUn_NW_026528748v1 60 5
chrUn_NW_026528750v1 250 24
chrUn_NW_026528752v1 140 14
chrUn_NW_026528754v1 190 19
chrUn_NW_026528755v1 2250 209
chrUn_NW_026528772v1 270 25
chrUn_NW_026528775v1 200 18
chrUn_NW_026528777v1 90 6
chrUn_NW_026528784v1 280 25
chrUn_NW_026528785v1 110 7
chrUn_NW_026528786v1 340 32
chrUn_NW_026528788v1 140 14
chrUn_NW_026528791v1 80 8
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 1450 131
chrUn_NW_026528795v1 340 34
chrUn_NW_026528796v1 1280 125
chrUn_NW_026528797v1 15700 1391
chrUn_NW_026528798v1 2530 221
chrUn_NW_026528799v1 670 60
chrUn_NW_026528880v1 120 10
chrUn_NW_026528882v1 100 10
chrUn_NW_026528884v1 80 8
chrUn_NW_026528885v1 90 9
chrUn_NW_026528887v1 600 57
chrUn_NW_026528888v1 250 24
chrUn_NW_026528889v1 240 24
chrUn_NW_026528891v1 450 41
chrUn_NW_026528893v1 140 11
chrUn_NW_026528894v1 9620 790
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 100 10
chrUn_NW_026528900v1 730 64
chrUn_NW_026528902v1 1780 166
chrUn_NW_026528903v1 7046 575
chrUn_NW_026528917v1 2300 192
chrUn_NW_026528926v1 1470 124
chrUn_NW_026528928v1 15550 1383
chrUn_NW_026528937v1 1710 155
chrUn_NW_026528938v1 330 30
chrUn_NW_026528950v1 460 39
chrUn_NW_026528952v1 300 29
chrUn_NW_026528957v1 18070 1542
chrUn_NW_026528960v1 811 77
chrUn_NW_026528975v1 2910 246
chrUn_NW_026528984v1 890 80
chrUn_NW_026528985v1 220 21
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528987v1 100 10
chrUn_NW_026528988v1 2160 199
chrUn_NW_026528989v1 210 20
chrUn_NW_026528992v1 90 9
chrUn_NW_026528994v1 40 4
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 490 46
chrUn_NW_026529007v1 1630 135
chrUn_NW_026529008v1 16050 1329
chrUn_NW_026529013v1 800 72
chrUn_NW_026529015v1 2530 229
chrUn_NW_026529016v1 15110 1304
chrUn_NW_026529060v1 4810 400
chrUn_NW_026529081v1 4630 422
chrUn_NW_026529085v1 8340 728
chrX 19076450 12.87% 1675480
chrX_NW_026527892v1_random 2750 233
chrX_NW_026527894v1_random 3290 282
chrX_NW_026527897v1_random 1420 131
chrY 285800 3.47% 25531
chrY_NW_026527906v1_random 200 20
chrY_NW_026527909v1_random 840 77
chrY_NW_026527911v1_random 1170 107
chrY_NW_026527913v1_random 1600 147
chrY_NW_026527914v1_random 3410 294
chrY_NW_026527915v1_random 360 35
chrY_NW_026527916v1_random 1280 110
chrY_NW_026527918v1_random 880 79
chrY_NW_026527919v1_random 650 60
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 240 23
chrY_NW_026527938v1_random 9330 798
chrY_NW_026527939v1_random 280 26
chrY_NW_026527942v1_random 5460 505
chrY_NW_026527945v1_random 280 27
chrY_NW_026527948v1_random 890 84
chrY_NW_026527949v1_random 3290 309
chrY_NW_026527950v1_random 8420 705
chrY_NW_026527951v1_random 2600 240
chrY_NW_026527955v1_random 2650 228
chrY_NW_026527956v1_random 1935 169
chrY_NW_026527958v1_random 2000 178
chrY_NW_026527960v1_random 1170 110
chrY_NW_026527961v1_random 3950 327
chrY_NW_026527966v1_random 39720 3479
chrY_NW_026527967v1_random 3860 360
chrY_NW_026527968v1_random 23780 2101
chrY_NW_026527969v1_random 190 17
chrY_NW_026527974v1_random 1080 97
chrY_NW_026527980v1_random 1470 132

Segment lengths

segments min max mean median
segments 47709313 1 130 11.88 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
VLMC.bw 265.78 MB 989bdfc18d7362b253edee4c75542536
genomic_resource.yaml 1.08 KB af8b9a0c094eada98cbfd42cb4f28b6c
statistics/