Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/VTR-HTH_Glut/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for VTR-HTH_Glut cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: VTR-HTH_Glut
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VTR-HTH_Glut float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VTR-HTH_Glut
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_VTR-HTH_Glut [0.00201, 1.87]
n
1,533,501,623
mean
0.00652
sd
0.0137

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1533501623 128116840
chr1 119417600 54.79% 10004367
chr2 107966660 52.80% 8985428
chr3 90495760 47.16% 7469187
chr4 89202250 51.25% 7394535
chr5 104326480 63.48% 8842568
chr6 86601349 53.79% 7204862
chr7 94402250 59.92% 7934266
chr8 67435430 53.16% 5600291
chr9 73962660 55.18% 6182833
chr10 77986150 56.65% 6533159
chr11 75323930 58.08% 6332219
chr12 73819540 59.30% 6211337
chr13 64310050 54.07% 5334289
chr14 60715800 54.17% 5056353
chr15 58139630 58.61% 4867044
chr16 51917750 53.08% 4307891
chr17 39408470 52.58% 3262853
chr18 26577380 56.51% 2230293
chr19 30007240 58.19% 2515400
chr20 27752840 60.84% 2336671
chr21 25627870 50.00% 2127649
chr22 34590250 67.43% 2984195
chrUn_NW_026528016v1 740 67
chrUn_NW_026528017v1 5720 523
chrUn_NW_026528021v1 6435 563
chrUn_NW_026528026v1 7340 653
chrUn_NW_026528029v1 4667 407
chrUn_NW_026528038v1 9430 784
chrUn_NW_026528039v1 15730 1322
chrUn_NW_026528065v1 2200 186
chrUn_NW_026528075v1 3580 318
chrUn_NW_026528103v1 950 82
chrUn_NW_026528123v1 70 7
chrUn_NW_026528125v1 1700 154
chrUn_NW_026528140v1 10950 904
chrUn_NW_026528210v1 2590 233
chrUn_NW_026528215v1 5310 460
chrUn_NW_026528217v1 60 6
chrUn_NW_026528218v1 230 21
chrUn_NW_026528219v1 480 41
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 110 11
chrUn_NW_026528222v1 140 11
chrUn_NW_026528224v1 160 15
chrUn_NW_026528225v1 1620 147
chrUn_NW_026528226v1 1480 131
chrUn_NW_026528228v1 3780 340
chrUn_NW_026528230v1 5950 498
chrUn_NW_026528232v1 16020 1313
chrUn_NW_026528259v1 160 15
chrUn_NW_026528278v1 7220 594
chrUn_NW_026528285v1 1300 116
chrUn_NW_026528292v1 480 42
chrUn_NW_026528295v1 4110 346
chrUn_NW_026528296v1 59493 5257
chrUn_NW_026528310v1 2990 278
chrUn_NW_026528320v1 890 83
chrUn_NW_026528327v1 300 29
chrUn_NW_026528332v1 460 44
chrUn_NW_026528335v1 570 53
chrUn_NW_026528338v1 920 80
chrUn_NW_026528339v1 910 83
chrUn_NW_026528345v1 320 29
chrUn_NW_026528347v1 240 22
chrUn_NW_026528350v1 620 55
chrUn_NW_026528353v1 1080 99
chrUn_NW_026528356v1 530 45
chrUn_NW_026528358v1 40 4
chrUn_NW_026528360v1 60 6
chrUn_NW_026528363v1 5958 469
chrUn_NW_026528370v1 2420 196
chrUn_NW_026528371v1 12210 997
chrUn_NW_026528372v1 4720 407
chrUn_NW_026528373v1 16420 1327
chrUn_NW_026528378v1 120 11
chrUn_NW_026528380v1 130 13
chrUn_NW_026528382v1 120 12
chrUn_NW_026528384v1 580 54
chrUn_NW_026528385v1 1000 94
chrUn_NW_026528390v1 1230 106
chrUn_NW_026528393v1 190 18
chrUn_NW_026528396v1 160 14
chrUn_NW_026528397v1 200 20
chrUn_NW_026528402v1 80 8
chrUn_NW_026528403v1 100 10
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 180 16
chrUn_NW_026528409v1 250 22
chrUn_NW_026528412v1 120 12
chrUn_NW_026528413v1 120 12
chrUn_NW_026528416v1 90 9
chrUn_NW_026528420v1 60 6
chrUn_NW_026528423v1 1040 97
chrUn_NW_026528431v1 4980 431
chrUn_NW_026528432v1 9750 802
chrUn_NW_026528433v1 24020 1977
chrUn_NW_026528440v1 110 10
chrUn_NW_026528480v1 7070 616
chrUn_NW_026528558v1 34370 2996
chrUn_NW_026528559v1 1160 101
chrUn_NW_026528561v1 3820 325
chrUn_NW_026528588v1 300 28
chrUn_NW_026528589v1 580 53
chrUn_NW_026528590v1 27750 2447
chrUn_NW_026528596v1 34720 2999
chrUn_NW_026528609v1 370 36
chrUn_NW_026528611v1 180 18
chrUn_NW_026528615v1 300 26
chrUn_NW_026528621v1 3250 276
chrUn_NW_026528631v1 2550 212
chrUn_NW_026528634v1 4290 384
chrUn_NW_026528635v1 160 15
chrUn_NW_026528644v1 150 12
chrUn_NW_026528650v1 510 50
chrUn_NW_026528656v1 170 14
chrUn_NW_026528660v1 80 8
chrUn_NW_026528661v1 310 31
chrUn_NW_026528668v1 330 32
chrUn_NW_026528670v1 50 5
chrUn_NW_026528677v1 460 39
chrUn_NW_026528708v1 330 33
chrUn_NW_026528719v1 11870 1043
chrUn_NW_026528737v1 1230 103
chrUn_NW_026528739v1 420 41
chrUn_NW_026528741v1 50 5
chrUn_NW_026528745v1 310 28
chrUn_NW_026528748v1 100 10
chrUn_NW_026528749v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 300 29
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 80 8
chrUn_NW_026528755v1 2450 225
chrUn_NW_026528772v1 530 47
chrUn_NW_026528775v1 600 53
chrUn_NW_026528777v1 130 12
chrUn_NW_026528784v1 310 29
chrUn_NW_026528785v1 140 13
chrUn_NW_026528786v1 540 53
chrUn_NW_026528788v1 290 27
chrUn_NW_026528791v1 50 5
chrUn_NW_026528792v1 110 10
chrUn_NW_026528793v1 2590 229
chrUn_NW_026528795v1 2200 194
chrUn_NW_026528796v1 6290 552
chrUn_NW_026528797v1 56160 4652
chrUn_NW_026528798v1 10700 884
chrUn_NW_026528799v1 3850 336
chrUn_NW_026528880v1 420 41
chrUn_NW_026528882v1 230 21
chrUn_NW_026528883v1 50 5
chrUn_NW_026528884v1 320 30
chrUn_NW_026528885v1 120 12
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 1870 156
chrUn_NW_026528888v1 470 43
chrUn_NW_026528889v1 330 31
chrUn_NW_026528891v1 870 77
chrUn_NW_026528893v1 330 30
chrUn_NW_026528894v1 8360 689
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 190 19
chrUn_NW_026528900v1 3140 270
chrUn_NW_026528902v1 3840 345
chrUn_NW_026528903v1 17170 1375
chrUn_NW_026528917v1 3650 304
chrUn_NW_026528926v1 1910 163
chrUn_NW_026528928v1 17110 1489
chrUn_NW_026528937v1 1780 159
chrUn_NW_026528938v1 260 25
chrUn_NW_026528950v1 450 42
chrUn_NW_026528952v1 250 24
chrUn_NW_026528957v1 17030 1469
chrUn_NW_026528960v1 4911 402
chrUn_NW_026528975v1 3130 268
chrUn_NW_026528984v1 1600 140
chrUn_NW_026528985v1 100 10
chrUn_NW_026528986v1 100 10
chrUn_NW_026528987v1 240 24
chrUn_NW_026528988v1 2360 208
chrUn_NW_026528989v1 270 27
chrUn_NW_026528992v1 300 29
chrUn_NW_026528994v1 80 8
chrUn_NW_026528996v1 890 81
chrUn_NW_026529007v1 5640 474
chrUn_NW_026529008v1 47530 4045
chrUn_NW_026529013v1 1440 123
chrUn_NW_026529015v1 2810 246
chrUn_NW_026529016v1 18620 1606
chrUn_NW_026529060v1 15985 1393
chrUn_NW_026529081v1 7870 673
chrUn_NW_026529085v1 14100 1202
chrX 51881417 35.02% 4260371
chrX_NW_026527892v1_random 6150 506
chrX_NW_026527894v1_random 8248 689
chrX_NW_026527897v1_random 2970 243
chrY 708610 8.61% 59518
chrY_NW_026527906v1_random 180 18
chrY_NW_026527909v1_random 920 86
chrY_NW_026527911v1_random 3250 285
chrY_NW_026527913v1_random 5050 428
chrY_NW_026527914v1_random 9750 805
chrY_NW_026527915v1_random 250 23
chrY_NW_026527916v1_random 1100 99
chrY_NW_026527918v1_random 710 61
chrY_NW_026527919v1_random 1810 160
chrY_NW_026527927v1_random 940 86
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 2010 183
chrY_NW_026527938v1_random 11010 939
chrY_NW_026527939v1_random 750 68
chrY_NW_026527942v1_random 6490 584
chrY_NW_026527945v1_random 240 24
chrY_NW_026527948v1_random 710 71
chrY_NW_026527949v1_random 18240 1499
chrY_NW_026527950v1_random 17500 1465
chrY_NW_026527951v1_random 3740 342
chrY_NW_026527955v1_random 4550 399
chrY_NW_026527956v1_random 2390 222
chrY_NW_026527958v1_random 2710 233
chrY_NW_026527960v1_random 2880 255
chrY_NW_026527961v1_random 10850 905
chrY_NW_026527966v1_random 52190 4564
chrY_NW_026527967v1_random 4670 427
chrY_NW_026527968v1_random 29250 2512
chrY_NW_026527969v1_random 1070 93
chrY_NW_026527974v1_random 910 83
chrY_NW_026527980v1_random 1410 127

Segment lengths

segments min max mean median
segments 128116840 3 140 11.97 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
VTR-HTH_Glut.bw 759.52 MB 78c8f25269fcfa8a6a33ba887d64936d
genomic_resource.yaml 1.11 KB fa3412fa8d07dfea954f6d94a3a86b58
statistics/