Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/ZI-HTH_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for ZI-HTH_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: ZI-HTH_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_ZI-HTH_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_ZI-HTH_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_ZI-HTH_GABA [0.00133, 2.8]
n
1,792,794,027
mean
0.00558
sd
0.0129

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1792794027 152422370
chr1 139323620 63.92% 11877675
chr2 127539410 62.37% 10787152
chr3 109072860 56.84% 9114550
chr4 106664550 61.29% 8989853
chr5 117578060 71.54% 10191580
chr6 101197590 62.85% 8565660
chr7 107978082 68.54% 9261177
chr8 79761560 62.88% 6745316
chr9 86068450 64.21% 7325167
chr10 91134190 66.20% 7792301
chr11 86547730 66.73% 7412985
chr12 84953250 68.24% 7298155
chr13 76456120 64.28% 6471167
chr14 70718170 63.09% 5987842
chr15 67137200 67.68% 5741630
chr16 61375090 62.74% 5174885
chr17 47032340 62.76% 3964361
chr18 30386240 64.61% 2595048
chr19 34746370 67.38% 2982626
chr20 31687720 69.47% 2726897
chr21 30588800 59.67% 2576767
chr22 37551770 73.20% 3308093
chrUn_NW_026528016v1 740 70
chrUn_NW_026528017v1 6600 598
chrUn_NW_026528021v1 6745 596
chrUn_NW_026528026v1 9650 845
chrUn_NW_026528029v1 5067 450
chrUn_NW_026528038v1 11350 931
chrUn_NW_026528039v1 19290 1617
chrUn_NW_026528065v1 2500 218
chrUn_NW_026528075v1 4470 372
chrUn_NW_026528103v1 1160 101
chrUn_NW_026528123v1 90 9
chrUn_NW_026528125v1 1780 160
chrUn_NW_026528140v1 13010 1084
chrUn_NW_026528210v1 3030 264
chrUn_NW_026528215v1 6050 515
chrUn_NW_026528217v1 80 7
chrUn_NW_026528218v1 270 26
chrUn_NW_026528219v1 500 43
chrUn_NW_026528220v1 100 10
chrUn_NW_026528221v1 100 10
chrUn_NW_026528222v1 160 15
chrUn_NW_026528224v1 290 28
chrUn_NW_026528225v1 1890 161
chrUn_NW_026528226v1 2080 180
chrUn_NW_026528228v1 5030 428
chrUn_NW_026528230v1 7560 632
chrUn_NW_026528232v1 20270 1660
chrUn_NW_026528259v1 90 9
chrUn_NW_026528278v1 9170 766
chrUn_NW_026528285v1 1300 112
chrUn_NW_026528292v1 530 52
chrUn_NW_026528295v1 5440 464
chrUn_NW_026528296v1 63470 5782
chrUn_NW_026528310v1 3290 286
chrUn_NW_026528320v1 790 72
chrUn_NW_026528327v1 640 61
chrUn_NW_026528332v1 730 66
chrUn_NW_026528335v1 540 52
chrUn_NW_026528338v1 1180 105
chrUn_NW_026528339v1 1020 92
chrUn_NW_026528345v1 330 32
chrUn_NW_026528347v1 340 31
chrUn_NW_026528350v1 600 54
chrUn_NW_026528353v1 940 89
chrUn_NW_026528356v1 670 62
chrUn_NW_026528358v1 160 16
chrUn_NW_026528360v1 120 11
chrUn_NW_026528363v1 6090 514
chrUn_NW_026528370v1 3290 280
chrUn_NW_026528371v1 14440 1218
chrUn_NW_026528372v1 6680 547
chrUn_NW_026528373v1 17960 1430
chrUn_NW_026528378v1 210 19
chrUn_NW_026528380v1 290 29
chrUn_NW_026528382v1 190 18
chrUn_NW_026528384v1 690 64
chrUn_NW_026528385v1 1120 99
chrUn_NW_026528390v1 1300 121
chrUn_NW_026528393v1 320 26
chrUn_NW_026528396v1 100 9
chrUn_NW_026528397v1 190 19
chrUn_NW_026528402v1 100 9
chrUn_NW_026528403v1 220 21
chrUn_NW_026528404v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 240 23
chrUn_NW_026528409v1 210 16
chrUn_NW_026528412v1 200 20
chrUn_NW_026528413v1 140 13
chrUn_NW_026528416v1 80 8
chrUn_NW_026528419v1 90 8
chrUn_NW_026528420v1 100 10
chrUn_NW_026528423v1 1300 120
chrUn_NW_026528431v1 7200 604
chrUn_NW_026528432v1 11490 955
chrUn_NW_026528433v1 27900 2427
chrUn_NW_026528440v1 140 14
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 9460 813
chrUn_NW_026528558v1 39470 3389
chrUn_NW_026528559v1 1640 140
chrUn_NW_026528561v1 5240 449
chrUn_NW_026528588v1 480 45
chrUn_NW_026528589v1 710 64
chrUn_NW_026528590v1 38710 3302
chrUn_NW_026528596v1 50530 4257
chrUn_NW_026528609v1 590 47
chrUn_NW_026528611v1 360 34
chrUn_NW_026528615v1 610 59
chrUn_NW_026528621v1 4530 383
chrUn_NW_026528631v1 3990 340
chrUn_NW_026528634v1 5480 468
chrUn_NW_026528635v1 220 20
chrUn_NW_026528644v1 130 12
chrUn_NW_026528650v1 840 79
chrUn_NW_026528656v1 90 8
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 400 39
chrUn_NW_026528668v1 350 34
chrUn_NW_026528670v1 140 11
chrUn_NW_026528677v1 600 53
chrUn_NW_026528708v1 330 30
chrUn_NW_026528719v1 13690 1192
chrUn_NW_026528737v1 1860 151
chrUn_NW_026528739v1 620 62
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 560 49
chrUn_NW_026528748v1 120 12
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 330 28
chrUn_NW_026528752v1 210 20
chrUn_NW_026528754v1 170 17
chrUn_NW_026528755v1 3630 330
chrUn_NW_026528772v1 650 55
chrUn_NW_026528775v1 410 35
chrUn_NW_026528777v1 120 10
chrUn_NW_026528784v1 350 31
chrUn_NW_026528785v1 300 27
chrUn_NW_026528786v1 750 70
chrUn_NW_026528788v1 330 32
chrUn_NW_026528791v1 150 14
chrUn_NW_026528792v1 120 12
chrUn_NW_026528793v1 3850 333
chrUn_NW_026528795v1 3170 272
chrUn_NW_026528796v1 7660 674
chrUn_NW_026528797v1 67910 5655
chrUn_NW_026528798v1 12940 1111
chrUn_NW_026528799v1 5160 442
chrUn_NW_026528880v1 630 55
chrUn_NW_026528882v1 270 25
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 260 25
chrUn_NW_026528885v1 130 10
chrUn_NW_026528887v1 2390 206
chrUn_NW_026528888v1 580 54
chrUn_NW_026528889v1 520 49
chrUn_NW_026528891v1 1110 101
chrUn_NW_026528893v1 270 23
chrUn_NW_026528894v1 12330 990
chrUn_NW_026528896v1 80 7
chrUn_NW_026528899v1 480 40
chrUn_NW_026528900v1 4030 340
chrUn_NW_026528902v1 4120 366
chrUn_NW_026528903v1 17830 1471
chrUn_NW_026528917v1 4270 351
chrUn_NW_026528926v1 2040 173
chrUn_NW_026528928v1 22150 1913
chrUn_NW_026528937v1 1690 161
chrUn_NW_026528938v1 570 51
chrUn_NW_026528950v1 660 60
chrUn_NW_026528952v1 390 35
chrUn_NW_026528957v1 22250 1925
chrUn_NW_026528960v1 5621 473
chrUn_NW_026528975v1 3860 339
chrUn_NW_026528984v1 1730 156
chrUn_NW_026528985v1 110 11
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528987v1 210 18
chrUn_NW_026528988v1 2740 234
chrUn_NW_026528989v1 550 48
chrUn_NW_026528992v1 470 42
chrUn_NW_026528994v1 80 8
chrUn_NW_026528995v1 80 8
chrUn_NW_026528996v1 1120 96
chrUn_NW_026529007v1 7270 612
chrUn_NW_026529008v1 55450 4786
chrUn_NW_026529013v1 1630 146
chrUn_NW_026529015v1 3010 275
chrUn_NW_026529016v1 21800 1880
chrUn_NW_026529060v1 17175 1501
chrUn_NW_026529081v1 8590 741
chrUn_NW_026529085v1 15920 1373
chrX 65218607 44.02% 5355904
chrX_NW_026527892v1_random 9170 744
chrX_NW_026527894v1_random 11150 911
chrX_NW_026527897v1_random 4270 350
chrY 948380 11.53% 78883
chrY_NW_026527906v1_random 340 33
chrY_NW_026527909v1_random 1160 109
chrY_NW_026527911v1_random 4160 348
chrY_NW_026527913v1_random 7990 662
chrY_NW_026527914v1_random 11860 939
chrY_NW_026527915v1_random 320 29
chrY_NW_026527916v1_random 1870 170
chrY_NW_026527918v1_random 1050 95
chrY_NW_026527919v1_random 2360 202
chrY_NW_026527927v1_random 1120 101
chrY_NW_026527928v1_random 140 12
chrY_NW_026527931v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 2270 205
chrY_NW_026527938v1_random 12030 1024
chrY_NW_026527939v1_random 1040 95
chrY_NW_026527942v1_random 8290 732
chrY_NW_026527945v1_random 420 40
chrY_NW_026527948v1_random 1210 112
chrY_NW_026527949v1_random 25030 2090
chrY_NW_026527950v1_random 22950 1925
chrY_NW_026527951v1_random 5340 480
chrY_NW_026527955v1_random 5550 475
chrY_NW_026527956v1_random 2660 244
chrY_NW_026527958v1_random 3160 278
chrY_NW_026527960v1_random 3550 305
chrY_NW_026527961v1_random 10920 923
chrY_NW_026527966v1_random 59110 5187
chrY_NW_026527967v1_random 6370 572
chrY_NW_026527968v1_random 36210 3100
chrY_NW_026527969v1_random 1350 113
chrY_NW_026527974v1_random 1210 111
chrY_NW_026527980v1_random 2060 181

Segment lengths

segments min max mean median
segments 152422370 2 150 11.76 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
ZI-HTH_GABA.bw 871.34 MB 247bd01a6f62899719b31abac36c1555
genomic_resource.yaml 1.11 KB 50dc5e315ea16405ee468ebc07063173
statistics/