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Id summary/zemke2023Conserved/pseudobulk_atac/macaque_m1/L5_ETcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary Pseudo-bulk atac track in macaque_m1 for L5_ET cell type
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: m1
  • cell_type: L5_ET
  • data_types: atac_signal
  • dataset: zemke2023Conserved
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/rheMac10
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_ET_atac_rpkm float

zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_ET_atac_rpkm
Pseudo-bulk RPKM atac in macaque_m1 for L5_ET cell type
 HISTOGRAM FOR zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_ET_atac_rpkm [0, 3.31e+04]
n
2,971,331,530
mean
3.22
sd
11.2

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2971331530 78470997
chr1 223616942 100.00% 6748706
chr2 196197964 100.00% 5071214
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chr4 169963040 100.00% 4271513
chr5 187317192 100.00% 4134701
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chr8 145679320 100.00% 3804459
chr9 134124166 100.00% 3782238
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chr12 130043856 100.00% 3373956
chr13 108737130 100.00% 3040605
chr14 128056306 100.00% 3810980
chr15 113283604 100.00% 3253841
chr16 79627064 100.00% 2877465
chr17 95433459 100.00% 2243370
chr18 74474043 100.00% 1887433
chr19 58315233 100.00% 2159039
chr20 77137495 100.00% 2550205
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chrX 153388924 100.00% 2136440
chrY 11753682 100.00% 127404
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ML143123.1 539197 18012
ML143124.1 1117261 12203
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