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Id summary/zemke2023Conserved/pseudobulk_atac/macaque_m1/L5_ITcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary Pseudo-bulk atac track in macaque_m1 for L5_IT cell type
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: m1
  • cell_type: L5_IT
  • data_types: atac_signal
  • dataset: zemke2023Conserved
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/rheMac10
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_IT_atac_rpkm float

zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_IT_atac_rpkm
Pseudo-bulk RPKM atac in macaque_m1 for L5_IT cell type
 HISTOGRAM FOR zemke2023Conserved_macaque_m1_L5_IT_atac_rpkm [0, 5.04e+04]
n
2,971,331,530
mean
3.2
sd
13.5

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2971331530 162918363
chr1 223616942 100.00% 13536036
chr2 196197964 100.00% 10938204
chr3 185288947 100.00% 10620692
chr4 169963040 100.00% 9382492
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chr14 128056306 100.00% 7568248
chr15 113283604 100.00% 6500972
chr16 79627064 100.00% 5223341
chr17 95433459 100.00% 4941413
chr18 74474043 100.00% 4062450
chr19 58315233 100.00% 3738298
chr20 77137495 100.00% 4839466
chrM 16564 100.00% 1622
chrX 153388924 100.00% 5601197
chrY 11753682 100.00% 364917
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ML143121.1 1005795 20263
ML143122.1 733739 15340
ML143123.1 539197 28304
ML143124.1 1117261 35457
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