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Id summary/zemke2023Conserved/pseudobulk_atac/macaque_m1/L6_ITcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary Pseudo-bulk atac track in macaque_m1 for L6_IT cell type
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: m1
  • cell_type: L6_IT
  • data_types: atac_signal
  • dataset: zemke2023Conserved
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/rheMac10
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_atac_rpkm float

zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_atac_rpkm
Pseudo-bulk RPKM atac in macaque_m1 for L6_IT cell type
 HISTOGRAM FOR zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_atac_rpkm [0, 4.9e+04]
n
2,971,331,530
mean
3.21
sd
13.5

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2971331530 141057287
chr1 223616942 100.00% 11782653
chr2 196197964 100.00% 9339362
chr3 185288947 100.00% 9132022
chr4 169963040 100.00% 8067507
chr5 187317192 100.00% 8000349
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chr8 145679320 100.00% 6909874
chr9 134124166 100.00% 6725186
chr10 99517758 100.00% 5600964
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chr12 130043856 100.00% 6174293
chr13 108737130 100.00% 5432092
chr14 128056306 100.00% 6577200
chr15 113283604 100.00% 5592535
chr16 79627064 100.00% 4713372
chr17 95433459 100.00% 4280139
chr18 74474043 100.00% 3491935
chr19 58315233 100.00% 3423137
chr20 77137495 100.00% 4316275
chrM 16564 100.00% 1630
chrX 153388924 100.00% 4530883
chrY 11753682 100.00% 308081
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ML143119.1 862827 24665
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ML143124.1 1117261 29404
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