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Id summary/zemke2023Conserved/pseudobulk_atac/macaque_m1/L6_IT_CAR3content_copy
Type position_score
Version 0
Summary Pseudo-bulk atac track in macaque_m1 for L6_IT_CAR3 cell type
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: m1
  • cell_type: L6_IT_CAR3
  • data_types: atac_signal
  • dataset: zemke2023Conserved
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/rheMac10
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_CAR3_atac_rpkm float

zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_CAR3_atac_rpkm
Pseudo-bulk RPKM atac in macaque_m1 for L6_IT_CAR3 cell type
 HISTOGRAM FOR zemke2023Conserved_macaque_m1_L6_IT_CAR3_atac_rpkm [0, 5.98e+04]
n
2,971,331,530
mean
3.18
sd
15.9

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2971331530 42688665
chr1 223616942 100.00% 3723369
chr2 196197964 100.00% 2750033
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chr4 169963040 100.00% 2306926
chr5 187317192 100.00% 2087391
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chr12 130043856 100.00% 1772722
chr13 108737130 100.00% 1624610
chr14 128056306 100.00% 2048264
chr15 113283604 100.00% 1738560
chr16 79627064 100.00% 1746599
chr17 95433459 100.00% 1180131
chr18 74474043 100.00% 986919
chr19 58315233 100.00% 1360085
chr20 77137495 100.00% 1480853
chrM 16564 100.00% 1403
chrX 153388924 100.00% 1038921
chrY 11753682 100.00% 69768
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ML143123.1 539197 12825
ML143124.1 1117261 8079
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