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Id summary/zemke2023Conserved/pseudobulk_atac/macaque_m1/OPCcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary Pseudo-bulk atac track in macaque_m1 for OPC cell type
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: m1
  • cell_type: OPC
  • data_types: atac_signal
  • dataset: zemke2023Conserved
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/rheMac10
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
zemke2023Conserved_macaque_m1_OPC_atac_rpkm float

zemke2023Conserved_macaque_m1_OPC_atac_rpkm
Pseudo-bulk RPKM atac in macaque_m1 for OPC cell type
 HISTOGRAM FOR zemke2023Conserved_macaque_m1_OPC_atac_rpkm [0, 7.68e+04]
n
2,971,331,530
mean
3.09
sd
21.8

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 2971331530 60156662
chr1 223616942 100.00% 5334106
chr2 196197964 100.00% 3874040
chr3 185288947 100.00% 3825514
chr4 169963040 100.00% 3176185
chr5 187317192 100.00% 2731272
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chr7 169868564 100.00% 3833218
chr8 145679320 100.00% 2833097
chr9 134124166 100.00% 2883215
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chr11 133066086 100.00% 2805889
chr12 130043856 100.00% 2451087
chr13 108737130 100.00% 2318113
chr14 128056306 100.00% 3203611
chr15 113283604 100.00% 2475099
chr16 79627064 100.00% 2531364
chr17 95433459 100.00% 1629142
chr18 74474043 100.00% 1368723
chr19 58315233 100.00% 1913141
chr20 77137495 100.00% 2136719
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chrX 153388924 100.00% 1587897
chrY 11753682 100.00% 91939
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ML143119.1 862827 3354
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ML143121.1 1005795 5234
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ML143123.1 539197 11816
ML143124.1 1117261 7282
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